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标题: 多链结构的蛋白质+化合物进行分子动力学模拟;发现RMSD剧烈波动,查看轨迹肽链断裂 [打印本页]

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wula    时间: 2025-6-5 02:50
标题: 多链结构的蛋白质+化合物进行分子动力学模拟;发现RMSD剧烈波动,查看轨迹肽链断裂
本帖最后由 wula 于 2025-6-6 00:39 编辑

轨迹矫正指令如下:gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -center -ur compact -n index.ndx

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_cluster.xtc -o md.xtc -pbc mol -center

MDP文件中已经去扭转;
comm-grps       = Protein; comm-mode       = Angular
查看轨迹文件发现多链结构破坏 发生断裂


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sobereva    时间: 2025-6-5 08:55
老生常谈的跨盒子问题。VMD里把盒子显示出来,认真看轨迹动画就知道怎么回事、轨迹修正对没有
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DDbond    时间: 2025-6-5 13:46
pbc周期性问题

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wula    时间: 2025-6-6 00:16
老师您好,我在vdm中肽链大部分状态都是断开的
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wula    时间: 2025-6-6 00:25
sobereva 发表于 2025-6-5 08:55
老生常谈的跨盒子问题。VMD里把盒子显示出来,认真看轨迹动画就知道怎么回事、轨迹修正对没有

老师,有时还会有部分越过边界,这种情况应该怎么处理?
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sobereva    时间: 2025-6-6 00:31
wula 发表于 2025-6-6 00:25
老师,有时还会有部分越过边界,这种情况应该怎么处理?

如果蛋白质一开始是在盒子中央,先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用nojump

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wula    时间: 2025-6-6 00:39
sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央,先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师是我填错了代码,我目前已更新我没有使用nojump

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wula    时间: 2025-6-6 07:51
sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央,先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师,是我发帖时填写错了 ,实际我的代码是如下:
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -center -ur compact -n index.ndx

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_cluster.xtc -o md.xtc -pbc mol -center
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wula    时间: 2025-6-10 16:12
sobereva 发表于 2025-6-6 00:31
如果蛋白质一开始是在盒子中央,先用-pbc cluster保持蛋白质所有的链作为整体保持完整
根本不需要用noju ...

sob老师,这种情况有什么好的解决办法?

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王肖索    时间: 2025-7-30 11:26
wula 发表于 2025-6-10 16:12
sob老师,这种情况有什么好的解决办法?

解决了吗?我用了-pbc cluster 还是出现波动,老师您怎么解决的呢




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