求助：关于gmx hbond计算氢键出现的错误 - 计算化学公社

各位老师好，我目前想要利用gmx hbond命令计算指定蛋白原子组之间的氢键，首先是利用gmx make_ndx -f result.gro -o index.ndx命令生成了指定的原子组，然后利用gmx trjconv -f result.xtc -s md.tpr -o 40-50ns.xtc -b 40000 -e 50000 -pbc mol -center -ur compact处理了轨迹文件，使得蛋白居中，保存10ns的轨迹文件。最后利用gmx hbond -f 40-50ns.xtc -s md.tpr -n index.ndx -num -hbn -hbm命令计算生成了hbmap.xpm hbnum.xvg hbond.ndx三个文件，hbmap.xpm hbnum.xvg分别如下图所示。但是现在在hbond.ndx文件的[ hbonds_Protein ]部分中，并没有正确显示氢键具体是由哪三个原子之间形成，中间原子一直显示的序号是-1,请问各位老师这是什么问题,