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标题: gromacs模拟Atomtype c3 not found求助 [打印本页]

作者
Author: csm 时间: 2025-6-3 10:54
标题: gromacs模拟Atomtype c3 not found求助
各位老师好，我在做gromacs培训班里的关于常温常压下模拟乙醇+水盒子的模拟的练习，目前是在能量极小化这一步，输入了指令：gmx grompp -f em.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr -maxwarn 1，但是却出现了如图所示的错误，ERROR 1 [file ethanol.itp, line 7]:
Atomtype c3 not found
，我检查过itp文件，找不到问题所在。请问这是为什么啊。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-3 12:25
[atomtypes]里没定义c3原子类型。仔细看我课上给的file文件包里的相关文件，以及讲义上的计算流程说明，不要跳步。
并且以后拓扑文件要给就给全了，别光给被include的itp而不给主top文件

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-6-3 14:07
引用的主力场里面加上c3原子类型。

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