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标题: 体系跑完MD后作图rmsd起伏很大 [打印本页]

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-6-1 21:35
标题: 体系跑完MD后作图rmsd起伏很大
各位老师好，我用我的蛋白体系一个是蛋白加膜＋配体，还有一个是蛋白加膜+配体＋GDP，两个体系我跑完500ns后作图分析rmsd,但是无论是μ受体与蛋白的rmsd还是蛋白与体系system的rmsd波动都很大，我提取了，蛋白加膜+配体和蛋白加膜＋配体GDP 其中的结构，我要在结构分离之前的ns为初始结构进行重新跑MD吗?还是用其他的方法？先谢谢各位的解答

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-1 23:30
把下文的RMSD部分看了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-6-3 16:03

sobereva 发表于 2025-6-1 23:30
把下文的RMSD部分看了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs. ...

sob老师我看了您发的链接，那我这个结构算是分离了吗，要重新以上图中的200ns和270ns为初始体系重新跑MD?还是只处理轨迹再算rmsd呢?

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-3 22:40

王肖索发表于 2025-6-3 16:03
sob老师我看了您发的链接，那我这个结构算是分离了吗，要重新以上图中的200ns和270ns为初始体系重新跑MD? ...

该修正周期性记录方式就修正
我没说分离了

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-6-4 10:28

sobereva 发表于 2025-6-3 22:40
该修正周期性记录方式就修正
我没说分离了

好的，多谢sob老师

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