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标题: 求问，mpi并行计算周期性石墨烯的体系分解问题 [打印本页]
作者
Author: SDown    时间: 2025-5-29 17:01
标题: 求问，mpi并行计算周期性石墨烯的体系分解问题
版本：2018.3
求问，系综NVT跑周期性石墨烯（盒子尺寸：5.15755 * 5.10480 * 5.20000 nm），出现了域分解（Domain Decomposition）问题。
报错：
  1. Initializing Domain Decomposition on 32 ranks
  2. Dynamic load balancing: locked
  3. Minimum cell size due to atom displacement: 0.433 nm
  4. Initial maximum inter charge-group distances:
  5.     two-body bonded interactions: 7.084 nm, Exclusion, atoms 927 1007
  6.   multi-body bonded interactions: 7.084 nm, Angle, atoms 927 1007
  7. Minimum cell size due to bonded interactions: 7.793 nm
  8. Guess for relative PME load: 0.23
  9. Will use 24 particle-particle and 8 PME only ranks
  10. This is a guess, check the performance at the end of the log file
  11. Using 8 separate PME ranks, as guessed by mdrun
  12. Scaling the initial minimum size with 1/0.8 (option -dds) = 1.25
  13. Optimizing the DD grid for 24 cells with a minimum initial size of 9.741 nm
  14. The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 0
复制代码
原子 927 和 1007 的two-body bonded interactions距离计算似乎有问题（7.084 nm比盒子边长还大）。
927 和 1007 的位置如图所示在盒子两端，它们之间不应该有键，top文件里这两个原子间也没有键，按照石墨烯的结构它们之间也不应该存在键。
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
考虑到 7.084nm ≈ 5nm * sqrt(2)，怀疑是把两个原子在盒子里的距离（7.084nm）而不是跨过周期性边界的距离（~0.2nm）当成了原子间距离。
在 mpd 文件中设置了周期边界条件，但不起作用，设置freeze也没有帮助

单机不会报分解错误，但freeze指令无法生效，石墨烯会平移；单节点单线程可以运行，但生成的结果文件无法读取
请问应该怎么解决？

相关mdp和sbatch指令如下：
  1. title                   = OPLS NVT equilibration
  2. define                  = -DPOSRES  ; position restrain the protein
  3. ; Run parameters
  4. integrator              = md        ; leap-frog integrator
  5. nsteps                  = 40000000    ; 1 fs * 40000000 = 40 ns
  6. dt                      = 0.001    ; 1 fs
  7. ; Output control
  8. nstxout                 = 2000       ; save coordinates every 20 ps
  9. nstvout                 = 2000       ; save velocities everys 20 ps
  10. nstenergy               = 2000       ; save energies every 20 ps
  11. nstlog                  = 2000       ; update log file every 20 ps
  12. ; Bond parameters
  13. continuation            = yes        ; first dynamics run
  14. constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
  15. constraints             = h-bonds   ; bonds involving H are constrained
  16. lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
  17. lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
  18. ; Nonbonded settings
  19. cutoff-scheme           = Verlet    ; Buffered neighbor searching
  20. ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
  21. nstlist                 = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
  22. rcoulomb                = 1.0       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
  23. rvdw                    = 1.0       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
  24. DispCorr                = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
  25. ; Electrostatics
  26. coulombtype             = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
  27. pme_order               = 4         ; cubic interpolation
  28. fourierspacing          = 0.16      ; grid spacing for FFT
  29. ; Temperature coupling is on
  30. tcoupl                  = Berendsen              ; modified Berendsen thermostat
  31. tc-grps                 = K      SOL     CL      GRA ; two coupling groups - more accurate
  32. tau_t                   = 0.1     0.1      0.1     0.1      ; time constant, in ps
  33. ref_t                   = 300    300     300    300     ; reference temperature, one for each group, in K
  34. ; Pressure coupling is off
  35. pcoupl                  = no        ; no pressure coupling in NVT
  36. ; Periodic boundary conditions
  37. pbc                     = xyz       ; 3-D PBC
  38. ; Velocity generation
  39. gen_vel                 = no       ; assign velocities from Maxwell distribution

  41. freezegrps  =GRA
  42. freezedim  =Y Y Y
复制代码
  1. #SBATCH --nodes=1
  2. #SBATCH --ntasks-per-node=32
  3. #SBATCH --get-user-env
  4. source ~/.bashrc
  5. srun hostname -s | sort -n > slurm.hosts
  6. gmx grompp -f NVT.mdp -c GRA.gro -p GRA.top -o NVT.tpr
  7. mpirun -n 32  -machinefile slurm.hosts  gmx mdrun -v -s NVT.tpr -o NVT.trr -c GRA.gro
复制代码








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