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标题: Amber的电荷的问题 [打印本页]

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-3-20 16:45
标题: Amber的电荷的问题
各位大神：
想向大家请教一下啊，amber里面只能用resp和bcc计算的电荷么，可否把用其它方法计算的电荷写进去，比方说Hirshfield电荷？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-20 16:57
绝对不要用Hirshfeld电荷用于分子模拟，因为对分子表面静电势重现性非常差，因此不能正确表现分子间静电相互作用。讨论看
原子电荷计算方法的对比（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）
尤其是文中的第7节。
用Hirshfeld的改良版ADCH结果比Hirshfeld好得多，对静电势重现性良好，可以用于分子动力学模拟目的。ADCH电荷计算方法看Multiwfn手册4.7.2节的例子。

得到电荷后，把电荷拷到相应的库文件里即可。

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-3-20 19:03

sobereva 发表于 2017-3-20 16:57
绝对不要用Hirshfeld电荷用于分子模拟，因为对分子表面静电势重现性非常差，因此不能正确表现分子间静电相 ...

非常感谢！我会尝试这个ADCH电荷，还有哪些电荷可以用于动力学模拟，比方说NPA电荷可以么？

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-3-20 19:35

sobereva 发表于 2017-3-20 16:57
绝对不要用Hirshfeld电荷用于分子模拟，因为对分子表面静电势重现性非常差，因此不能正确表现分子间静电相 ...

这个ADCH电荷Multiwfn可以计算么

作者
Author: lujun 时间: 2017-3-20 22:52

sobereva 发表于 2017-3-20 16:57
绝对不要用Hirshfeld电荷用于分子模拟，因为对分子表面静电势重现性非常差，因此不能正确表现分子间静电相 ...

sob老师，在amber中可以电荷混用么，我对某一个残基采用的是am1-bcc的电荷，而其它的残基采用resp的电荷。可以这样做么

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-21 00:33

kjxwl3 发表于 2017-3-20 19:35
这个ADCH电荷Multiwfn可以计算么

仔细看我的那篇文章，里面第7节给了个表，很清楚地说表明了不同原子电荷对静电势的重现性，显然NPA不能用，对静电势重现性那么烂

怎么用Multiwfn计算ADCH电荷在2L已经明确说明了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-21 00:38

lujun 发表于 2017-3-20 22:52
sob老师，在amber中可以电荷混用么，我对某一个残基采用的是am1-bcc的电荷，而其它的残基采用resp的电荷 ...

虽然不至于定性错误，但最好还是统一，否则被问到的时候不好说清楚

作者
Author: lujun 时间: 2017-3-21 00:43

sobereva 发表于 2017-3-21 00:38
虽然不至于定性错误，但最好还是统一，否则被问到的时候不好说清楚

好的，谢谢sob老师！
我个人感觉，有时候am1-bcc的电荷可能会比resp的电荷更加靠谱。我做的结果发现am1-bcc的电荷值计算出的md更加符合实验值。而resp稍差。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-21 01:27

lujun 发表于 2017-3-21 00:43
好的，谢谢sob老师！
我个人感觉，有时候am1-bcc的电荷可能会比resp的电荷更加靠谱。我做的结果发现am1- ...

虽然AM1-BCC的初衷是RESP的近似，但结果不一定比RESP差。你的结果一定程度说明这一点，但也有可能是与其它力场参数和模拟参数的误差抵消的原因

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-3-21 10:59

sobereva 发表于 2017-3-21 00:33
仔细看我的那篇文章，里面第7节给了个表，很清楚地说表明了不同原子电荷对静电势的重现性，显然NPA不能用 ...

谢谢sob老师！我用Multiwfn算了ADCH的电荷，打算试试这个电荷的效果，直接把这个电荷粘贴到mol2文件里面去，之前是bcc的，在mol2文件里面有一个电荷标记：
@<TRIPOS>MOLECULE
CRO
48 48 1 0 0
SMALL
bcc
这里它是bcc的标记，会不会有问题？我直接把我的电荷写入进去，应该没有问题，因为电荷项的计算公式肯定是没有变的，不会管是bcc还是resp。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-21 14:52

kjxwl3 发表于 2017-3-21 10:59
谢谢sob老师！我用Multiwfn算了ADCH的电荷，打算试试这个电荷的效果，直接把这个电荷粘贴到mol2文件里面 ...

不用管这个。而且mol2里面也并不记录原子电荷。你需要改的是力场的库文件中的电荷值，比如amber就是小分子的prepin文件，gromacs就是小分子的itp文件

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-9-18 23:41

sobereva 发表于 2017-3-21 01:27
虽然AM1-BCC的初衷是RESP的近似，但结果不一定比RESP差。你的结果一定程度说明这一点，但也有可能是与其 ...

我现在也做了其它的一些配体，发现am1-bcc计算的电荷值往往会比resp更负。很难以得知哪个电荷的结果会更好。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-19 09:47

kjxwl3 发表于 2017-9-18 23:41
我现在也做了其它的一些配体，发现am1-bcc计算的电荷值往往会比resp更负。很难以得知哪个电荷的结果会更 ...

原理上RESP更好

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-9-19 15:52

sobereva 发表于 2017-9-19 09:47
原理上RESP更好

那这个RESP使用DFT的还是HF的，我感觉HF模拟出来的结果更加靠谱些，DFT的定性都不对。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-19 21:14

kjxwl3 发表于 2017-9-19 15:52
那这个RESP使用DFT的还是HF的，我感觉HF模拟出来的结果更加靠谱些，DFT的定性都不对。

如果你要用于水溶液下模拟，用HF必须在气相下做，用DFT必须在隐式溶剂模型下做，后者原理上更合理，后期的amber力场都是后者的做法

2019-May-15补充：关于RESP适合的计算级别问题，在此文里有详述
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-9-20 00:10

sobereva 发表于 2017-9-19 21:14
如果你要用于水溶液下模拟，用HF必须在气相下做，用DFT必须在隐式溶剂模型下做，后者原理上更合理，后 ...

难怪我之前的DFT的结果总是不好，我是模拟水溶液的MD，电荷都是采用气相的DFT得到的。现在我模拟的是界面问题，有两相，一相是水，另一相是氯仿，该怎么选择隐式溶剂。

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-9-20 00:11

sobereva 发表于 2017-9-19 21:14
如果你要用于水溶液下模拟，用HF必须在气相下做，用DFT必须在隐式溶剂模型下做，后者原理上更合理，后 ...

这个有什么原因么，为什么HF一定要在气相下做，而DFT必须得用隐式溶剂化模型。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-20 11:36

kjxwl3 发表于 2017-9-20 00:11
这个有什么原因么，为什么HF一定要在气相下做，而DFT必须得用隐式溶剂化模型。

HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩，这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估现象，必须结合隐式溶剂模型，算出来的电荷才能实际反应水当中溶质电荷被极化

固定电荷模型注定没法对于在极性和非极性溶剂下的情况都描述好，除非你用可极化力场。如果注定要用固定电荷模型，那DFT+SCRF计算时候干脆把溶剂属性取水和氯仿的平均。

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-9-20 22:23

sobereva 发表于 2017-9-20 11:36
HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩，这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估 ...

如果是post-hf的话，比如mp2，也还是得用隐式溶剂化模型吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-20 23:29

kjxwl3 发表于 2017-9-20 22:23
如果是post-hf的话，比如mp2，也还是得用隐式溶剂化模型吧。

是

作者
Author: syjohn 时间: 2017-9-22 00:08

sobereva 发表于 2017-9-20 11:36
HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩，这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估 ...

我有个问题需要明确下
MD模拟的情况下，大部分小分子是处于蛋白环境，那拟合电荷的时候，DFT计算的隐式溶剂模型的介电常数设置为多少合适呢，我记得水是4，而蛋白环境貌似高点？？？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-22 15:53

syjohn 发表于 2017-9-22 00:08
我有个问题需要明确下
MD模拟的情况下，大部分小分子是处于蛋白环境，那拟合电荷的时候，DFT计算的隐式 ...

水的介电常数是78
蛋白质不好说，和蛋白质特征有关系。不讲究的话，设4完了

作者
Author: syjohn 时间: 2017-9-25 08:35

sobereva 发表于 2017-9-22 15:53
水的介电常数是78
蛋白质不好说，和蛋白质特征有关系。不讲究的话，设4完了

明白了，所以说算结合自由能的话跟小分子的电荷还是有很大的关系的。
这个得看具体的体系进行具体分析

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