计算化学公社

标题: 求助-ATB构建的拓扑结构电荷一列异常，请教解决办法 [打印本页]

作者
Author: HYUAN 时间: 2025-5-18 01:35
标题: 求助-ATB构建的拓扑结构电荷一列异常，请教解决办法
本帖最后由 HYUAN 于 2025-5-18 01:35 编辑

各位老师好，我使用了ATB生成聚苯乙烯的拓扑结构（单体数目60），用于GROMACS中的gromos 54A7力场，然而从ATB下载得到的对应拓扑结构的电荷一列不能正常显示，全部显示的是“%%”，想请教老师有没有其他方法可以计算得到这部分电荷，然后自己手动修改拓扑文件中的电荷一列，从而正常进行后续的MD模拟。
(, 下载次数 Times of downloads: 29) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-18 02:20
8成是体系太大，超过了ATB能处理的范围

建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓扑文件，聚合物的原子电荷怎么获得在网页里也说了。GROMOS力场描述这个比起GAFF没有任何特别的优点，没必要非得用。

作者
Author: HYUAN 时间: 2025-5-18 02:33

sobereva 发表于 2025-5-18 02:20
8成是体系太大，超过了ATB能处理的范围

建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓 ...

好的好的，谢谢老师，我后面用sobtop生成试试

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)