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标题: gromacs跑完蛋白蛋白体系后计算结合自由能出现问题 [打印本页]

作者
Author: lmtt 时间: 2025-5-16 20:03
标题: gromacs跑完蛋白蛋白体系后计算结合自由能出现问题
各位老师好，用gromacs跑完蛋白蛋白体系的动力学模拟之后，提取稳定段的1000个构象在gmxMMPBSA软件中计算结合自由能。
选用的igb，和IE熵，算完发现结合自由能很低，负一百多kcal/mol，并且SD也很大，官网说计算IE熵时，δ>3.6kcal/mol结果不可靠，我的结果为八点多。想请问下各位老师
①：结合自由能太低，SD大可能是啥原因导致的呀？有什么解决办法吗？
②：IE熵算出来的结果不行，有什么别的方法能使它可靠吗？
mmpbsa.in如图1，结果如图2、3

作者
Author: jackshoulder 时间: 2025-5-19 11:02
什么体系，内部介电常数设置为10，这么大，如果是带电体系，像核酸-小分子体系，建议设置为3-5试试，蛋白-核酸体系，设置为3左右。deltaG负的很多并不一定是错误的，就像蛋白-蛋白体系和蛋白-核酸体系，结合自由能就是负的很多。SD一般也在10-20左右，这个SD与你的轨迹稳定性有很大影响。至于这个熵效应，如果不是很必要，可以不用计算，因为你用MMGBSA算结合自由能，现目前较多文章中也是可行的。

作者
Author: lmtt 时间: 2025-5-21 13:14

jackshoulder 发表于 2025-5-19 11:02
什么体系，内部介电常数设置为10，这么大，如果是带电体系，像核酸-小分子体系，建议设置为3-5试试，蛋白- ...

好嘞，谢谢老师！

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