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标题: 求助高温NPT后聚合物链跑出盒子问题 [打印本页]

作者
Author: lhao9 时间: 2025-5-15 21:10
标题: 求助高温NPT后聚合物链跑出盒子问题
我在使用gromacs模拟含有两种不同聚合物链共混的电解质体系，体系中一共有六条聚合物链，在423 K的温度下进行了50 ns的NPT过程，但是在模拟后聚合物链大部分跑出了盒子之外（一共有五种不同比例的共混体系最后都跑出了盒子之外），请教一下这个问题应该如何解决？下面分别是其中一个体系进行NPT前后的图片以及NPT文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-16 06:34
用了PBC，跑出盒子就根本不是什么“问题”

如果你的盒子空白的区域就是真空区而不是隐藏了溶剂分子，由于用了控压，自然盒子尺寸会在MD过程中显著收缩

作者
Author: lhao9 时间: 2025-5-16 09:59

sobereva 发表于 2025-5-16 06:34
用了PBC，跑出盒子就根本不是什么“问题”

如果你的盒子空白的区域就是真空区而不是隐藏了溶剂分子，由 ...

好的谢谢老师

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