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标题: 求助在lammps中使用eABF方法计算自由能如何改善采样？ [打印本页]

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Author: 总座高见 时间: 2025-5-15 09:44
标题: 求助在lammps中使用eABF方法计算自由能如何改善采样？
各位老师们好，我想要获得纳米流体中两个纳米颗粒之间自由能与纳米颗粒距离之间的关系，盒子大小是60*60*120，我为了使纳米颗粒加速收敛使用fix spring/self 限制了他在xz方向上的运动，步长为1fs时算了2ns的时间后自由能还没收敛，在两个纳米颗粒靠的比较近时无法取样而变成平台一样的形状，想问下有什么方法可以改善取样，加速自由能的收敛？
自由能图片和colvars文件在下方：
#eABF方法对两个纳米氧化铝颗粒进行自由能采集

Colvarstrajfrequency 1000
Colvarsrestartfrequency 500000
indexFile non1.ndx
indexFile non2.ndx

colvar {
name d
width 0.2

extendedlagrangian on
extendedFluctuation 0.1
extendedTemp 1200
extendedTimeConstant 200

subtractAppliedForce on

distance {
      group1 {
         indexGroup non1
      }
      group2 {
         indexGroup non2
      }
      forceNoPBC yes
}
lowerBoundary 1
upperBoundary 21
}
harmonicWalls {
name mywall
colvars d
lowerWalls 1
upperWalls 21
forceConstant 20
}

abf {
name abf1
colvars d
applyBias yes
fullSamples 500
outputEnergy on
outputFreq 100000
historyFreq 100000
writeCZARwindowFile on
CZARestimator on
}

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