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标题: 求助：二氧化碳平衡相模拟，温度波动较大如何解决？ [打印本页]

作者
Author: caligo 时间: 2025-5-14 22:39
标题: 求助：二氧化碳平衡相模拟，温度波动较大如何解决？
本帖最后由 caligo 于 2025-5-14 22:38 编辑

基于如图所示的文献内容，进行了298.15K，1MPa下的二氧化碳平衡相模拟，盒子尺寸基于目标温度压力对应的密度设置为13nm，通过gmx insert-molecules填充了512个分子，在能量最小化之后通过4ns的NVT和4ns的NPT进行模拟，热浴使用了V-rescale方法，压浴使用Berendsen方法。第一次模拟时，时间常数均为1，结果发现NVT的过程温度波动很大，尝试使用时间常数0.3之后发现温度波动范围明显缩小，但是跟sob老师这篇帖子中温度平衡的情况相比还是有较大的差距。在论坛中搜索发现sob老师曾经建议V-rescale方法的tau_t=0.2，Berendsen方法的tau_p=0.5，按照这个数值又进行了一次模拟，最终结果与之前时间常数均为0.3的情况差别不大，温度还是一直在波动，具体情况如以下图片所示。想问一下老师们，这种情况是因为我的模拟步骤存在哪些不合理的地方呢？还是说这种情况可以视为体系达到平衡态了呢？NPT的mdp文件如下所示，同时也上传了NVT和NPT的mdp文件的压缩包。

define =
integrator = md
dt       = 0.002 ; ps
nsteps    = 2000000; 4ns
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 10.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 23:42
本来就该波动，热浴就是要合理地描述温度的围观涨落（来自于动能-势能的交换），没有波动反倒不对。并且原子数越少波动越厉害

作者
Author: caligo 时间: 2025-5-15 09:24
好的好的！谢谢sob老师，我应该是对分子动力学的基础理论了解的太少了，之后加强这方面的学习。

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