计算化学公社

标题: 关于dihedrals的力场参数的问题 [打印本页]

作者
Author: 肥力丝 时间: 2025-5-14 17:15
标题: 关于dihedrals的力场参数的问题
各位老师我想请教关于gromacs二面角力场参数的问题：
在我的力场参数文件中存在type 9 dihedral interaction:
CG321 CG321 NS1 CG321 9
关于type9手册中的表述为“Type 9 allows multiple potential functions to be applied automatically to a single dihedral in the section when multiple parameters are defined for the same atomtypes in the section.”[ dihedral ][ dihedraltypes ]
同时，我在nonbonded的itp文件中可以找到以下参数，
; i j k l func phi0 kphi mult
CG321 CG321 NS1 CG321 9 0.00 6.9 1 ;
CG321 CG321 NS1 CG321 9 0.00 1.2 2 ;
CG321 CG321 NS1 CG321 9 0.00 3.1 3 ;
这是否意味着对这四个原子的二面角势能为：V = Kphi(1+cos(n*phi-phi0))
将上数三条对应内容进行加和得到 V_dih = 6.9*(1+cos(1 * phi - 0.0)) + 1.2*(1+cos(2 phi -0.0 ) +3.1(1+cos(3 *phi -0.0 ), ???
谢谢各位老师的解答？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 19:07
是

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)