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标题: 求助：生成环肽拓扑文件的选择问题 [打印本页]

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Author: oillio 时间: 2025-5-13 22:06
标题: 求助：生成环肽拓扑文件的选择问题
我想利用Gromacs观察环肽在不同溶剂下的构象。因为结构文件中没有区分残基名称且gromacs版本低不识别环状肽，故未用pdb2gmx生成拓扑文件，而是利用LigParGen生成了环肽的拓扑文件，想求助各位老师，这种情况下力场OPLS对环肽行为的描述是否准确？还有，传统MD能否通过增长模拟时间或加大温度看到尽可能多的构象（如肽键的顺反异构）？感谢老师解答。

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-5-13 22:37
sobtop你值得拥有

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 00:36
要么把残基名、原子名都弄标准，用pdb2gmx产生拓扑文件，要么用sobtop直接产生基于AMBER力场的拓扑文件。OPLS-AA描述蛋白质没什么特别的好处。

能否有顺反异构出现取决于拓扑文件怎么弄的，如果肽键都有improper项以谐振势维持平面性，再高的温度也不可能顺反异构。

作者
Author: oillio 时间: 2025-5-14 09:57

sobereva 发表于 2025-5-14 00:36
要么把残基名、原子名都弄标准，用pdb2gmx产生拓扑文件，要么用sobtop直接产生基于AMBER力场的拓扑文件。OP ...

那么请问老师，是构成肽键的improper项该删掉？还是说只要涉及alpha-C、羧基碳、N的improper项就删掉？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 20:05

oillio 发表于 2025-5-14 09:57
那么请问老师，是构成肽键的improper项该删掉？还是说只要涉及alpha-C、羧基碳、N的improper项就删掉？

搞清楚各个improper项对应哪些原子，只删该删的

作者
Author: oillio 时间: 2025-7-2 14:58

sobereva 发表于 2025-5-14 00:36
要么把残基名、原子名都弄标准，用pdb2gmx产生拓扑文件，要么用sobtop直接产生基于AMBER力场的拓扑文件。OP ...

老师，请问用sobtop产生了基于amber力场的拓扑文件后，电荷又该如何得到呢？利用Multiwfn算出的RESP电荷可以吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-7-2 17:01
如果这个环肽不太大（不超过1000个原子）的话，可以考虑直接用xtb跑gfn-ff。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-3 03:58

oillio 发表于 2025-7-2 14:58
老师，请问用sobtop产生了基于amber力场的拓扑文件后，电荷又该如何得到呢？利用Multiwfn算出的RESP电荷 ...

环肽不是很大、因而DFT计算、RESP电荷算得动的情况可以。如果太大，建议你还是把结构文件里的残基名、残基号、原子名弄正确，然后用pdb2gmx

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