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标题: [已解决] gmx solvate 指令填充三点水模型之后如何批量增加四点水模型的虚原子 [打印本页]

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-5-8 12:22
标题: [已解决] gmx solvate 指令填充三点水模型之后如何批量增加四点水模型的虚原子
本人使用 OPLS/L-AA 力场和 TIP4P/ICE 水模型模拟聚合物在水中结冰的情况。在模拟结冰过程中，先使用 gmx solvate -cp box.gro -cs spc216.gro -o solvated.gro -p UNK.top 得到三点水模型 solvated.gro，之后利用 cat em.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > newicebox.gro ，得到四点水模型。即从 em.gro 文件中找到每个水分子（SOL）的 OW 原子，并基于其坐标添加一个虚拟原子 MW 到 HW2 行之后。然而执行脚本过程中发现在 HW 编号超过 9999 之后，就会挤占其他字段的位置，从而造成字段“粘连”或错位，导致后面超过 HW 9999 原子没有成功加入虚原子。本人没有编程脚本基础，请问各位老师还有什么合适的办法批量添加四点水模型的虚原子吗

作者
Author: 牧生 时间: 2025-5-8 18:20
http://bbs.keinsci.com/thread-9958-1-1.html

第7楼，极度极度好用

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-5-8 19:17

牧生发表于 2025-5-8 18:20
http://bbs.keinsci.com/thread-9958-1-1.html

第7楼，极度极度好用

谢谢老师，倒是自己瞎折腾了一两天，原来前辈们早就有了极度好用且完美的方案

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