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标题: Gromacs能否实现加速分子动力学模拟？是否需要安装什么插件？ [打印本页]

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-5-7 17:44
标题: Gromacs能否实现加速分子动力学模拟？是否需要安装什么插件？
本帖最后由 Wqyin 于 2025-5-7 17:47 编辑

各位老师好，我前期用了Gromacs进行cMD，效果不太好，想在cMD结果基础上，进行加速分子动力学模拟增强采样，但是查了很多资料也没看懂，不知道怎么才能用Gromacs实现加速分子动力学模拟，麻烦各位老师指导一下。

作者
Author: student0618 时间: 2025-5-7 19:53
本帖最后由 student0618 于 2025-5-8 02:13 编辑

没更具体的目的、定义何谓“效果不太好”很难回答。

增强采样有很多方法的，有些gmx可通过plumed 插件/colvar用。

单是回答 Accelerated MD/ Gaussian Accelerated MD的话，据我所知要用Amber/NaMD/GENESIS。至于这方法是否能帮到你？我不知道。

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-5-8 15:59

student0618 发表于 2025-5-7 19:53
没更具体的目的、定义何谓“效果不太好”很难回答。

增强采样有很多方法的，有些gmx可通过plumed 插件/c ...

就是我研究的是一段无序肽段，据NMR实验结果，该肽段构象要发生巨大转变比较缓慢（>10ms)，我想看到它的转变，cMD无法实现，所以应该是您说的增强采样，您说的那些我去了解一下，多谢老师指导。

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