计算化学公社

标题: 关于Pt(111)面水分解的过渡态优化问题 [打印本页]

作者
Author: spinel 时间: 2025-5-2 11:28
标题: 关于Pt(111)面水分解的过渡态优化问题
请问老师，我使用2023.2版CP2K对Pt（111）面上H2O分解为H和OH的过程做过渡态分析。Pt一共设置了3层原子，冻结了下面两层原子，k点设为331。周期性设置XY。开启smearing。使用了D3色散矫正。为节约时间，Pt使用SZV-MOLOPT-SR-GTH-q18基组，H和O使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6基组，CUTOFF为300，REL_CUTOFF为35。使用sobNEB产生9个插值点。使用81核并行，每个任务分配9个核心。相关文件见附件。目前已经运行了201步仍然没有完成。感觉这个结构应该不复杂，但是任务迟迟没有结束，目前卡在201步。请各位老师看看我的输入文件是有什么问题吗？（运行过程中产生的文件较多，无法全部上传，我上传了产生文件名的txt文档，如果需要某个文件我再单独上传）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-2 12:30
基于.ener文件，用origin、grace之类画成类似北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里面下面这个例子的图，便于监控各个image的能量变化趋势。如果后期还在基本上单调变化，没有严重震荡，就继续跑。NEB几百步才收敛是家常便饭

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输入文件没明显问题

作者
Author: spinel 时间: 2025-5-2 13:31

sobereva 发表于 2025-5-2 12:30
基于.ener文件，用origin、grace之类画成类似北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/K ...

好的，谢谢sob老师，我对.ener文件中的能量绘制了能量趋势的图，发现所有点的能量基本还在缓慢降低，那我再延长时间多跑一段时间

作者
Author: spinel 时间: 2025-5-2 14:10

sobereva 发表于 2025-5-2 12:30
基于.ener文件，用origin、grace之类画成类似北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/K ...

老师还想请教一下，目前我这个模型使用81核已经跑了一天半，这个时间正常吗？因为看到您培训课上的例子都是几个小时内就可以跑完

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-2 21:17

spinel 发表于 2025-5-2 14:10
老师还想请教一下，目前我这个模型使用81核已经跑了一天半，这个时间正常吗？因为看到您培训课上的例子都 ...

没必然问题
体系大、NEB收敛慢（和NEB计算参数、初猜插点的理想程度有关）、NEB每一步SCF需要迭代次数较多、CPU性能弱、用的理论方法或CUTOFF等设定昂贵，等等，都会导致耗时高

作者
Author: spinel 时间: 2025-5-2 21:21

sobereva 发表于 2025-5-2 21:17
没必然问题
体系大、NEB收敛慢（和NEB计算参数、初猜插点的理想程度有关）、NEB每一步SCF需要迭代次数较 ...

好的，谢谢老师解答

作者
Author: spinel 时间: 2025-5-4 00:28

sobereva 发表于 2025-5-2 12:30
基于.ener文件，用origin、grace之类画成类似北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/K ...

老师，我根据ener文件，绘制了能量随step变化的折线图，前期部分点能量还有震荡，100步以后，插值点的能量基本都在持续下降，但是所有插值点的能量都低于左右两端A_opted和B_opted结构的能量，这种情况是不是过渡态优化出问题了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-4 04:05

spinel 发表于 2025-5-4 00:28
老师，我根据ener文件，绘制了能量随step变化的折线图，前期部分点能量还有震荡，100步以后，插值点的能 ...

把当前步NEB各个点的能量绘制成折线图，结合当前步NEB轨迹观看便知

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