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标题: gromacs模拟蛋白在搅拌下unfolded选用哪个模块好 [打印本页]

作者
Author: TL131242 时间: 2025-5-1 11:55
标题: gromacs模拟蛋白在搅拌下unfolded选用哪个模块好
大家好，我最近在做蛋白质在搅拌下unfolded的模拟，根据文献描述他们对蛋白施加了一个剪切力进行模拟
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之前在网上搜索我使用pull模块进行复刻采用constant-force和direction参数做出了一个整个蛋白被拉直并且蛋白两条链分开的模拟结果，和文献相差较大
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所以我认为可能是参数选错了，目前搜索到的关于剪切的参数有
1.pull模块，（是否该换成伞形采样或者改变冻结的残基位置）
2.cos_acceleration
3.deform
想问下大家该选择哪个或者这些都不对，还有另外的算法
附上mdp文件设置想让大家帮忙看看哪里有问题
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-1 13:14
还可以考虑通过enforced rotation表现j搅拌
deform可以尝试

作者
Author: TL131242 时间: 2025-5-1 15:08

sobereva 发表于 2025-5-1 13:14
还可以考虑通过enforced rotation表现j搅拌
deform可以尝试

sob老师强制旋转的参数是这样设置的吗
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还是这种

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-1 15:41

TL131242 发表于 2025-5-1 15:08
sob老师强制旋转的参数是这样设置的吗

还是这种

手册里enforced rotation
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