计算化学公社

标题: 求助gromacs分子动力学模拟做到添加离子命令时报错，提示指定的键、角度（U-B）和... [打印本页]

作者
Author: yzj11221 时间: 2025-4-30 20:36
标题: 求助gromacs分子动力学模拟做到添加离子命令时报错，提示指定的键、角度（U-B）和...
我目前在用GROMACS学习分子动力学模拟。做到添加离子命令时（gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o lons.tpr）出现如图错误，不太明白该如何进行修改，希望各位大佬帮忙看一看，具体应该如何操作？

作者
Author: student0618 时间: 2025-5-1 02:49
沒拓朴很难猜

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-1 12:44
重新修改帖子标题，让标题完整

仅凭当前信息，只能告诉你拓扑文件有问题，诸如配体的[moleculetype]没定义或没恰当引入，等等。没具体拓扑文件没法准确回答。

PS：如果几乎零基础，通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统性完整学习一遍能少走无数弯路，至少省好几个月折腾、碰壁的时间。几乎所有常见类型体系的模拟在培训里全都包括了，照着培训的详细讲解并参考课上给的海量例子文件，很容易就顺利、正确跑起来了。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)