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标题: 如何在拓扑文件中添加额外的离子信息 [打印本页]

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Author: NEW12138 时间: 2025-4-30 14:40
标题: 如何在拓扑文件中添加额外的离子信息
本帖最后由 NEW12138 于 2025-4-30 14:44 编辑

我的模拟体系采用charmm36力场模拟，由三部分组成，1.带水的磷脂膜（charmm-gui构建，已有拓扑文件包括forcefield.itp,POPC/POPE.itp,TIP3.itp）,2.配体分子（charmm-gui的ligand模块获得拓扑文件）,3. 离子K/CL.
问题：没有离子拓扑信息，我应该如何加到磷脂膜的拓扑文件里，我采用的方法如下，想请教各位老师这种方法是否正确。

1.想直接采用磷脂膜的forcefield.itp，所以将配体分子的charmm.itp里面的atomtype，dihedraltype等信息粘贴至了forcefield.itp最后的部分，配体的[ moleculetype ]、[ atoms ]部分还有原子之间的相互作用包括在LIG.itp文件中
2.由于还要用离子平衡体系，而磷脂膜里的forcefield.itp是没有离子的信息的，所以我将charmm36-2022版力场包里的ffnobonded.itp里的atomtype部分的K/CL信息复制到了磷脂膜里的forcefield.itp的atomtype部分，ions.itp部分我直接从力场包里的ions.itp部分复制下来。forcefield.itp加进去的离子信息、ions.itp、topol.top文件内容如下图，请求各位老师指导这种方法是否合适或者有更简便的方法参考，谢谢！！

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