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标题: 一键自动配置蛋白质-小分子MD体系脚本 [打印本页]

作者
Author: James-Li7571 时间: 2025-4-29 22:18
标题: 一键自动配置蛋白质-小分子MD体系脚本

本脚本适用于Linux下，使用Gromacs与ACPYPE自动生成蛋白质-小分子体系的拓扑文件。

使用前请您确保您已安装GROMACS与ACPYPE，并将蛋白质命名为protein.pdb，小分子命名为mol.mol2，本脚本将自动使用压缩包中的三个mdp文件(可自行修改配置)进行配置，使用AMBER99-ILDN力场，TIP3P水模型，GAFF2小分子力场自动配置体系，能量最小化与体系预平衡，生成md.tpr用于100ns动力学模拟

10.5281/zenodo.15304136

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