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标题: 新手求助，packmol里调用add box side 1.2指令对比没有调用add box side指令的区别 [打印本页]

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Author: WXC666 时间: 2025-4-28 19:35
标题: 新手求助，packmol里调用add box side 1.2指令对比没有调用add box side指令的区别
本帖最后由 WXC666 于 2025-4-28 19:59 编辑

packmol里调用add box side 1.2指令对比没有调用add box side指令的区别。我把这两者弄的模型通过ovito可视化，发现只是斜顶角的那一块的宽和长变大了，还有模型的整体的高度变高了，结合博主发的贴子，我理解了add box side 是不是固定000点进行变大，而不是在模型中心点四周均匀变大？因为我建模的时候，调用的是box指令，inside box 0. 0. 0. 200. 20. 200。可是如果这样的话，虽然保证了斜顶角那块原子不接触边界，但是000那块，以及其他顶角，以及棱，感觉都会有原子跑出边界，这该怎么办呢？

后面我需要用vmd对模型进行进一步的修改，我看博主发的贴子可以输入pbc box 显示盒子，这个盒子是不是我用packmol输出成pdb文件而没有显示出的盒子呢？如果在用vmd对我的模型修改前，用ovito打开原模型，发现边界有原子跑出来，会有什么影响吗？真诚求助，谢谢！还有一个问题请教大家，在packmol里面的分子数，我是根据我实际线下实验中采购的液体样品密度算的，公式是N=ρV/（M/NA），算出来的分子数，我之前想过一个上述第二个问题的解决措施，因为packmol里面的单位是埃，我在我的inside box 0. 0. 0. 200. 20. 200.修改成0000 20525 205，这样增大的空间能不能减少原子接触边界的情况呢？

作者
Author: WXC666 时间: 2025-4-28 19:39
后面我需要用vmd对模型进行进一步的修改，我看博主发的贴子可以输入pbc box 显示盒子，这个盒子是不是我用packmol输出成pdb文件而没有显示出的盒子呢？如果在用vmd对我的模型修改前，用ovito打开原模型，发现边界有原子跑出来，会有什么影响吗？真诚求助，谢谢！

作者
Author: WXC666 时间: 2025-4-28 19:45
还有一个问题请教大家，在packmol里面的分子数，我是根据我实际线下实验中采购的液体样品密度算的，公式是N=ρV/（M/NA），算出来的分子数，我之前想过一个上述第二个问题的解决措施，因为packmol里面的单位是埃，我在我的inside box 0. 0. 0. 200. 20. 200.修改成0000 205 25 205，这样增大的空间能不能减少原子接触边界的情况呢？

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Author: sobereva 时间: 2025-4-28 19:52
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: WXC666 时间: 2025-4-28 19:55

sobereva 发表于 2025-4-28 19:52
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

好的，抱歉，记住了。

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Author: sobereva 时间: 2025-4-28 21:12
不要管OVITO，一律以VMD里pbc box命令显示出来的盒子为准，这才是pdb文件里CRYST1字段记录的盒子。我从来不用OVITO

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Author: WXC666 时间: 2025-4-28 21:36

sobereva 发表于 2025-4-28 21:12
不要管OVITO，一律以VMD里pbc box命令显示出来的盒子为准，这才是pdb文件里CRYST1字段记录的盒子。我从来不 ...

好滴，谢谢

作者
Author: WXC666 时间: 2025-4-28 21:55
本帖最后由 WXC666 于 2025-4-28 22:09 编辑

sobereva老师，这是我构建的模型，按您之前发的packmol入门教程贴子的例子1进行的修改，通过packmol输出pdb格式的模型，我拖到vmd里面进行观察，①请问如果有原子跑出盒子会有什么影响吗？还有我的分子数很多是因为我用的公式N=ρV/（M/NA）去贴合实际实验中采购的液体样品的密度，为后期用lammps跑分子动力学做准备，②您之前发的教程贴子里没有用这个想法，您觉得可行吗？您在教程贴子里面介绍packmol它是不考虑分子间相互作用的，只考虑几何排布合理，所以是不是我图片里的模型中央有些地方很稀疏，③我可以借助lammps对其结构优化就变得合理了呢？可是您在教程贴子里面说了一句话，在第二副图，④那我之前用公式N=ρV/（M/NA）算的是不是没有意义了，我的密度又变了？老师，我解决了第④个问题，我在packmol里面早已固定了总分子数和固定了盒子大小，总密度不变，lammps对其结构优化只是对盒子里面的某些小区域进行密度什么的优化。老师，您不忙的时候可以回复一下问题①②③吗？不胜感激。

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