标题: 求助：CTAB和聚合物双分子体系在水溶液中的模拟能量最小化报错 [打印本页] 作者Author: SummerWine 时间: 2025-4-28 19:11 标题: 求助：CTAB和聚合物双分子体系在水溶液中的模拟能量最小化报错 使用GROMACS同时在32*32*32的盒子中加入2个聚合物和1086个CTAB分子，能量最小化时报错：[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]Fatal error:There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule typeconsisting of 62 atoms. The longest distance involved in such interactions is19.926 nm which is above half the box length. Either you have excessivelylarge distances between atoms in bonded interactions or your system isexploding.
这个错误显示分子内原子距离超过盒子长度一半（19.926 nm）。
在这之前使用32*32*32的盒子加入4个聚合物和108个CTAB分子时也会报错：
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 5656 and 5686
at distance 21.841 which is larger than the table limit 5.470 nm.
这个错误显示使用GROMACS进行能量最小化时遇到了关于非键相互作用的警告。报错信息显示，某些粒子之间的距离超过了表格限制5.47 nm，导致计算被跳过。
