计算化学公社

标题: vmd加载不了动画 [打印本页]

作者
Author: bobobo123 时间: 2025-4-28 10:53
标题: vmd加载不了动画
求助，我gormacs动力学模拟后的结果，vmd导入gro文件和md.xtc，只显示第一帧的结构，后面每帧的结构都不显示，动画也不能播放。但是总帧数是对的，就是没有动画。是什么原因啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-28 13:01
载入方式不对
确保xtc载入到了与gro相同的ID里
注意正确拼写GROMACS

作者
Author: HeBingkun-JNU 时间: 2025-4-28 21:04
试试把第一帧删除，就是导入gro文件后，delete frames选择0到1，然后加载和gro文件同名的xtc轨迹文件

作者
Author: bobobo123 时间: 2025-4-29 10:33

HeBingkun-JNU 发表于 2025-4-28 21:04
试试把第一帧删除，就是导入gro文件后，delete frames选择0到1，然后加载和gro文件同名的xtc轨迹文件

太感谢了，你的方法管用了。

，我能问一下这是什么原因吗？

作者
Author: bobobo123 时间: 2025-4-29 10:34

sobereva 发表于 2025-4-28 13:01
载入方式不对
确保xtc载入到了与gro相同的ID里
注意正确拼写GROMACS

嗯嗯，相同得ID是指什么？我也是才开始做，比较小白。不过用楼下得大佬的方法，可以播放了。我能问一下这是什么原因导致的吗？非常感谢

作者
Author: Loading0760 时间: 2025-4-29 11:12

bobobo123 发表于 2025-4-29 10:34
嗯嗯，相同得ID是指什么？我也是才开始做，比较小白。不过用楼下得大佬的方法，可以播放了。我能问一下这 ...

就是你在导入的时候有一个load files for的选项,先导入gro,后面的xtc确保是load for刚导入的结构,这样就相当于给结构轨迹信息

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-29 15:45

bobobo123 发表于 2025-4-29 10:34
嗯嗯，相同得ID是指什么？我也是才开始做，比较小白。不过用楼下得大佬的方法，可以播放了。我能问一下这 ...

说的是一码事
文件直接拖到VMD main窗口里载入会产生一个新ID
xtc里面没有原子名信息，直接拖入VMD main载入，只提供了VMD各帧的坐标信息，显然无法显示

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）讲VMD的部分很详细讲了怎么正确载入
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)