计算化学公社

标题: 求助ITO表面上单分子层自组装过程的模拟计算的课程大作业的问题 [打印本页]

作者
Author: harmoon 时间: 2025-4-26 16:52
标题: 求助ITO表面上单分子层自组装过程的模拟计算的课程大作业的问题
我是本科生，我想在课程大作业上完成一个（数个）有机分子在ITO表面的自组装过程的模拟。根据我目前在互联网上收集到的信息，大概的思路如下：
1、从晶体数据库中找到ITO的晶体数据
2、用MS建立晶体的界面
3、用Gaussian对分子的结构进行优化（计算能量最低的构象）
4、用Gromacs完成分子动力学模拟
我目前有一些疑惑，大致如下：
1、怎么选择力场文件
2、我选择的工具是否合适
恳请论坛各位大佬答疑解惑，批评指正。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-4-26 19:00
在你会问出这些问题的情况下说明你的水平不足以支撑你做你的大作业
那这个大作业的工作量和难度是否合适？
啥课程啊

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-26 19:10
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “自组装单分子层自组装过程的模拟计算” 改了，以后务必注意！

用Gaussian做优化完全不是必须的，做不做，动力学跑起来都一样。

不要上来就用不常见的缩写，诸如ITO

只能先告诉你，分子用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓扑文件，大概率sobtop也能产生ITO（虽然我不知道是什么）的拓扑文件。之后自己把两部分的itp文件恰当引入合适的top文件里

作为本科大作业来说，这个作业要求在我来看完全不得当（假设就是让学生用主流、高效、灵活但有门槛的gromacs做，而不是允许用很慢、非主流、很不灵活但很傻瓜化的M$做）。如果老师没有限制用什么程序，我倒建议你姑且用M$随便跑跑交差。因为如果你没有专门系统学过用GROMACS（例如北京科音分子动力学与GROMACS培训班http://www.keinsci.com/KGMX有完整系统讲解），光是靠在这里提问的话，很可能最终也做不成，因为正确合理使用GROMACS要掌握的东西实在是相当多。

作者
Author: harmoon 时间: 2025-4-27 16:09

sobereva 发表于 2025-4-26 19:10
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

感谢解答，我会重新考虑一下选题的合理性……

作者
Author: harmoon 时间: 2025-4-27 16:11

18217265596 发表于 2025-4-26 19:00
在你会问出这些问题的情况下说明你的水平不足以支撑你做你的大作业
那这个大作业的工作量和难度是否合适 ...

计算化学导论。不支持也得尝试探索一下……虽然从拿分的角度来看太不合适了。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)