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标题: 使用GMX进行NPT模拟时盒子突然炸开 [打印本页]

作者
Author: onsager22 时间: 2025-4-26 09:38
标题: 使用GMX进行NPT模拟时盒子突然炸开
各位老师好，在我对体系进行了1ns的berendsen预平衡后，转用parrinello-rahman压浴控压。
1.在berendsen压浴阶段，体系盒子几乎没有体积变化，是否正常？
2.PR压浴盒子大小迅速收缩，紧接着突然盒子炸开，是什么原因？（频繁出现体积变化大于1%报错）

dt                = 0.002       ; 时间步长 (ps)
nsteps             = 5000000    ; 总步数 (1000 ps = 1 ns)
nstlog             = 1000       ; 每 1000 步记录一次日志
nstenergy          = 1000       ; 每 1000 步记录一次能量
nstxout-compressed = 10000       ; 每 10000 步输出一次压缩轨迹 (.xtc)
tcoupl             = v-rescale ; 温度耦合方法
tc-grps          = System    ; 温度耦合组 (整个系统作为一个组)
tau_t             = 0.2       ; 温度耦合时间常数 (ps)
ref_t             = 300       ; 目标温度 (K)
pcoupl             = Parrinello-Rahman  ; 改为PR方法
pcoupltype       = isotropic    ; 各向同性压力耦合
tau_p             = 2.5          ; 压力耦合时间常数
compressibility    = 4.5e-5       ; 水的压缩性 (1/bar)
ref_p             = 1.0          ; 目标压力 (bar)
cutoff-scheme    = Verlet       ; 截断方案
nstlist          = 10          ; 每 10 步更新一次邻近列表
rlist             = 1.2          ; 非键作用截断距离 (nm)
rcoulomb          = 1.2          ; 库仑截断距离 (nm)
rvdw             = 1.2          ; 范德华截断距离 (nm)
coulombtype       = PME          ; 库仑相互作用方法
pme_order          = 4             ; PME 计算精度
fourierspacing    = 0.25          ; Fourier 网格间距
constraints       = h-bonds    ; 建议约束所有键长
lincs_iter       = 1             ; LINCS 迭代次数
lincs_order       = 4             ; LINCS 计算精度
nstxout          = 0             ; 不输出 .trr 文件中的坐标
nstvout          = 0             ; 不输出 .trr 文件中的速度
nstfout          = 0             ; 不输出 .trr 文件中的力

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-26 18:59
如果拓扑文件没问题，继续用berendsen，或者c-rescale
没事别乱改默认的fourierspacing

作者
Author: onsager22 时间: 2025-4-26 20:56
感谢sob老师，1.修改fourierspacing 是因为使用gmx invert插入链之后盒子比较大，提示PME计算占比较大才修改的。2.berendsen以及运行了1ns，延长到10ns这种再继续PR吗

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