计算化学公社

标题: 冠醚与碱金属离子配位采用什么基组方法以及是否考虑溶剂化？ [打印本页]

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-4-26 00:48
标题: 冠醚与碱金属离子配位采用什么基组方法以及是否考虑溶剂化？
现在一些文献中用的基础方法千奇百怪，而且有的并没有明显规律，一般文献中算了气相条件下和液相条件（一般文献中水做溶剂），并不能很好的观察其选择性好，文献中一般从结合能和吉布斯自由能判断冠醚与碱金属离子的配位，所以，这里我想请问老师，我想研究冠醚跟碱金属离子的选择性，采用什么基组方法比较好，其次，是否需要考虑溶剂化，考虑溶剂化用什么溶剂比较好。最后，我该从什么角度去判断冠醚与离子选择性好坏？

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-4-26 12:10
之前在知乎看到过一篇文章给你参考：https://www.zhihu.com/question/656442659/answer/3555428110

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-26 19:22
对于Gaussian用户，从性价比考虑，wB97XD或M06-2X结合6-311+G(2d,p)算电子能量并用SMD溶剂模型，opt freq过程基组减小到6-311G*并用IEFPCM溶剂模型。

对于量子化学计算角度，用结合自由能说事

参考文章：
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-5-16 15:47

sobereva 发表于 2025-4-26 19:22
对于Gaussian用户，从性价比考虑，wB97XD或M06-2X结合6-311+G(2d,p)算电子能量并用SMD溶剂模型，opt freq过 ...

老师，我这里有个问题我用上面提到的方法12-CROWN-4/Li+的配合物做opt freq，溶剂甲醇，二三十分钟就计算结束了，而单独的12-crown-4计算二三十分钟就报错了，是什么原因呢？

作者
Author: Solitude198 时间: 2025-5-16 16:29
本帖最后由 Solitude198 于 2025-5-16 16:35 编辑

被科研狠狠摩擦发表于 2025-5-16 15:47
老师，我这里有个问题我用上面提到的方法12-CROWN-4/Li+的配合物做opt freq，溶剂甲醇，二三十分钟就计算 ...

善用搜索，l9999老生常谈的问题

查看你的log文件，

……
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 150
-- Flag reset to prevent archiving.
……
Error termination request processed by link 9999.

复制代码

http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-17 04:33

被科研狠狠摩擦发表于 2025-5-16 15:47
老师，我这里有个问题我用上面提到的方法12-CROWN-4/Li+的配合物做opt freq，溶剂甲醇，二三十分钟就计算 ...

教科书式的几何优化震荡
按下文解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-7-25 19:55

sobereva 发表于 2025-5-17 04:33
教科书式的几何优化震荡
按下文解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法

老师，就是今年学期总结的时候，外校的老师给我提出的建议就是，冠醚与碱金属离子配位的时候，他觉得赝式基组对金属离子多少会对金属离子产生影响，起码能量上有差异，但是我看了老师论坛里赝式基组的文章，赝式基组有好处，也有坏处，但这里坏处大于好处，我觉得Li+、Na+、K+可以不用赝式基组。但是，我导儿让我选择，用还是不用，拿数据支撑，在这个体系，赝式基组的好处坏处到底咋样？老师，这方面您有什么建议吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-26 12:26

被科研狠狠摩擦发表于 2025-7-25 19:55
老师，就是今年学期总结的时候，外校的老师给我提出的建议就是，冠醚与碱金属离子配位的时候，他觉得赝式 ...

不说具体什么赝势基组，问这个没意义
一个好的赝势基组的结果明显比一个烂的全电子基组强。从你的描述上看，你说的那个老师似乎对赝势存在明显的误解和偏见
Li+、Na+、K+没有用赝势基组的刚需，但如果有很多个K，用恰当的赝势基组，在精度同样的情况下能比用全电子基组节约不少耗时。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)