计算化学公社

标题: 求助VMD利用脚本绘制ESP图，使用tcl旋转坐标只改变CPK样式的分子，isosurface不动 [打印本页]

作者
Author: 爱喝茶 时间: 2025-4-25 17:14
标题: 求助VMD利用脚本绘制ESP图，使用tcl旋转坐标只改变CPK样式的分子，isosurface不动
使用社长提供的ESPiso.vmd绘制ESP图，我想让某一根键沿着X轴的方向，让AI用tcl语言写了个脚本，发现只作用于CPK样式表示的分子，而ESP表面不会随着一起动。多次修改脚本仍无法解决。脚本见附件。

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-25 17:25
“让某一根键沿着X轴的方向”这个操作，应当在计算产生电子密度和静电势之前就完成，否则等获得cub文件后再修改格点数据就不简单了。优化后的结构按http://sobereva.com/610提到的子功能5操作即可调整好，然后再在合理级别下做一次单点计算，注意如果程序有自动调整分子朝向的功能要取消（比如Gaussian要用nosymm关键词，看http://sobereva.com/297），以此获得波函数分析所需文件。

作者
Author: 爱喝茶 时间: 2025-4-25 18:37

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-25 17:25
“让某一根键沿着X轴的方向”这个操作，应当在计算产生电子密度和静电势之前就完成，否则等获得cub文件后再 ...

试了multiwfn的坐标转换功能，确实可以，但就像文中说的波函数信息会改变，无法再绘制正确的ESP。当初没有考虑使用nosymm，现在好多体系算完了想批量绘图，发现分子朝向不一致。手动调整视角又不精确。哎

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-26 10:47

爱喝茶发表于 2025-4-25 18:37
试了multiwfn的坐标转换功能，确实可以，但就像文中说的波函数信息会改变，无法再绘制正确的ESP。当初没 ...

vmd的视角可以用指令控制的呀

作者
Author: 爱喝茶 时间: 2025-4-27 09:18
本帖最后由爱喝茶于 2025-5-29 09:20 编辑

Stardust0831 发表于 2025-4-26 10:47
vmd的视角可以用指令控制的呀

是的，但是无法得知精确旋转角度使某根键对准某个视角，现在的解决方法是先计算出和X轴夹角后，用rotate旋转后作图，最起码一系列分子视角都一样了，虽然慢了点

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