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标题: dmol3过度态优化是否可以固定原子 [打印本页]

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Author: 11223 时间: 2025-4-25 08:25
标题: dmol3过度态优化是否可以固定原子
各位老师好，主要有两个关于dmol3过渡态搜索的问题，1.产物结构是从反应物结构修改过来的，产物在进行结构优化时是否可以固定没参加反应的原子。
2.在搜索完过渡态后，用过渡态优化消虚频，是否可以固定没参加反应的原子。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-4-25 12:44
1、可以，但不太推荐这么做。如果非要进行固定，如果产物就是基于反应物改的结构，那么后续牵扯到搜索过渡态或者精修过渡态的时候需要通过reaction preview，在进行这个过程前你需要把反应物相应的原子也要固定再来产生轨迹，这样插出来的轨迹才能保证轨迹中被固定的原子都不动（当然正常情况下固定部分尺寸或者编号不匹配reaction preview的工具也会报错）。
2、可以固定，你可以计算partial Hessian（其实也就是部分频率），论坛上这个问题其实已经提到多次，你可以搜索看看。但固定后DMol3内部不支持在这个部分频率上获得热化学数据。

作者
Author: Solitude198 时间: 2025-4-25 13:45
很好奇为什么新手会用dmol3，组里在用还是其他原因

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%CD%B6%C6%B1

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作者
Author: 11223 时间: 2025-4-25 16:12

卡开发发发表于 2025-4-25 12:44
1、可以，但不太推荐这么做。如果非要进行固定，如果产物就是基于反应物改的结构，那么后续牵扯到搜索过渡 ...

谢谢老师的回答

作者
Author: 11223 时间: 2025-4-25 16:15

Solitude198 发表于 2025-4-25 13:45
很好奇为什么新手会用dmol3，组里在用还是其他原因

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%CD%B ...

这个组里是用ms和vasp

作者
Author: Edenyidi 时间: 2025-6-8 11:20

11223 发表于 2025-4-25 16:15
这个组里是用ms和vasp

同学，请问可以交流一下用dmol3做过渡态搜索嘛。

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