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标题: 对体系中的一个group单独做annealing的问题 [打印本页]

作者
Author: tianflame 时间: 2017-3-14 18:31
标题: 对体系中的一个group单独做annealing的问题
大家好：

在gromacs中，我想将体系中的一个group（名为ligand_binding_cavity）单独进行周期性模拟退火，其余部分（名为out_cavity）保持298.15K恒温，请问以下mdp文件有哪些问题？跑出来的结果中，ligand_binding_cavity的rmsd波动不大，感觉模拟退火没有起作用。

define =
integrator = md
dt       = 0.002  ; ps
nsteps    = 240000 ; 480ps
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
tc-grps = ligand_binding_cavity out_cavity
annealing = periodic periodic
annealing_npoints = 3 2
annealing_time = 0 2.75 5.5 0 100;ps
annealing_temp = 50 600 50 298.15 298.15
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2 0.2
ref_t = 298.15 298.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-14 18:45
光从这上看没什么毛病
用energy提取ligand_binding_cavity的temperature，看看温度是否真的如预期般改变

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