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标题: 求助：gmx mdrun -deffnm nvt过程中报错，蛋白配体复合物的配体解体 [打印本页]

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Author: liweichai 时间: 2025-4-23 21:07
标题: 求助：gmx mdrun -deffnm nvt过程中报错，蛋白配体复合物的配体解体
Windows电脑的WSL2上安装的Gromacs 2025.1版本，同时CUDA Version: 12.8。
运行到gmx mdrun -deffnm nvt这一步时报错：
step 134: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)
同时发现这一步中配体解体了，有几个原子跑到盒子外面去了。
并且每一步都有LINCS WARNING：
relative constraint deviation after LINCS:
rms 1.204214, max 44.031361 (between atoms 5235 and 5203)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
5217 5216 41.7 0.0964 0.0964    0.0964
5223 5195 90.0 0.2997 0.2163    0.1095
5221 5194 90.0 0.2440 1.8139    0.1094
5222 5194 90.0 4.9594 4.3726    0.1090
5234 5203 90.0 0.2812 0.1722    0.1082
5235 5203  129.0 6.1024 4.8873    0.1085
5236 5203 90.0 0.4637 0.4655    0.1089
5231 5201 36.2 0.1090 0.1089    0.1090
5210 5209 90.0 0.1589 0.5669    0.0969
想请教一下如何解决这个问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 21:18
老生常谈的问题http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: liweichai 时间: 2025-4-24 09:48

sobereva 发表于 2025-4-23 21:18
老生常谈的问题http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

谢谢老师。

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