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标题: 石英孔隙中的油的吸附，跑完NVT模拟之后.gro文件的分子坐标错误 [打印本页]

作者
Author: ocean6 时间: 2025-4-23 16:50
标题: 石英孔隙中的油的吸附，跑完NVT模拟之后.gro文件的分子坐标错误
各位老师好，我跑了一个石英孔隙中的油的吸附，NVT设置，温度为348K，盒子尺寸为6.4*6.5*8nm，石英表面用羟基化处理、冻结，油采用多组分，采用三维周期性设置，模拟时长为200ns。跑完之后生成的gro文件中的分子坐标出现问题：
(1) 利用vmd balance.gro命令查看生成的结构文件，发现石英与油分子均出现偏移，跑出盒子之外，刚开始以为是周期性显示问题(尽管之前从来没有出现过这种情况），最后一帧的图如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
(2) 当检查跑完的gro文件时，发现石英、油组分的部分坐标出现负值，因gro文件太大上传不了，以下是出现问题的gro文件的部分分子坐标截图：
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
(3) 模拟的mdp文件：

以上就是出现的问题，麻烦各位老师解答一下，谢谢你们！！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 19:17
负值说明在盒子外。由于PBC，这并不是任何问题

出现整体平移是很正常的事，若不想这样，要么用位置限制固定住，要么设成消平动的组

作者
Author: ocean6 时间: 2025-4-23 19:39

sobereva 发表于 2025-4-23 19:17
负值说明在盒子外。由于PBC，这并不是任何问题

出现整体平移是很正常的事，若不想这样，要么用位置限制 ...

老师，在mdp文件里，已经将石英冻结了，消除了系统整体的平移，还是发生这种情况啊，之前跑了几十次了，没遇到过

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 21:31

ocean6 发表于 2025-4-23 19:39
老师，在mdp文件里，已经将石英冻结了，消除了系统整体的平移，还是发生这种情况啊，之前跑了几十次了， ...

消除平移必须是对于石英而言的

作者
Author: ocean6 时间: 2025-4-23 22:46

sobereva 发表于 2025-4-23 21:31
消除平移必须是对于石英而言的

非常感谢老师，谢谢，我再试一下

作者
Author: ocean6 时间: 2025-4-23 23:36

sobereva 发表于 2025-4-23 21:31
消除平移必须是对于石英而言的

以上问题已解决，是犯了一个低级错误，mdp里面没有加周期性分子的设置，这次可以算一个反面案例了，下次记住了，再次感谢社长对于这方面的解答！！！

作者
Author: chemTT 时间: 2025-4-25 20:44

ocean6 发表于 2025-4-23 23:36
以上问题已解决，是犯了一个低级错误，mdp里面没有加周期性分子的设置，这次可以算一个反面案例了，下次 ...

你也是做页岩油赋存和驱油的吗，可以多多交流一下

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