计算化学公社

标题: 在用cp2k跑constrain md计算Li离子的去溶剂化能的时候报错 [打印本页]

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-4-22 22:26
标题: 在用cp2k跑constrain md计算Li离子的去溶剂化能的时候报错
这里想用constrain MD的办法来跑动力学计算Li离子的去溶剂化能，初始设置上面的Li和下面的F的距离为4.06埃时，可以正常的跑。然后参考的是官方给定的教程https://www.cp2k.org/exercises:2017_ethz_mmm:nacl_free_energy 这里是一个NaCl在水中解离的离子。但是当我修改Li和F之间的距离，这里是修改的Li的纵坐标z,的时候，结构就会跑崩掉，想问下到底是怎么回事。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-4-23 10:34
你是想用CP2K的thermodynamic integration功能吗？你估计得先查一下你想用的collective variable是否是CP2K的thermodynamic integration支持的类型，然后再想想你想用的collective variable是否适用于你关心的体系。

你也可以考虑**上网后去CP2K的Google Group用英文提问。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-4-23 11:48

Daniel_Arndt 发表于 2025-4-23 10:34
你是想用CP2K的thermodynamic integration功能吗？你估计得先查一下你想用的collective variable是否是CP2K ...

谢谢。嗯，我是想用这个，用的是两个原子的distances,第一个距离还挺好的，把距离减去0.2的时候就爆掉了。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-4-24 10:02

maoxinxina 发表于 2025-4-23 11:48
谢谢。嗯，我是想用这个，用的是两个原子的distances,第一个距离还挺好的，把距离减去0.2的时候就爆掉了 ...

要么就先把距离减去0.1埃，跑完后再减去0.1埃，相当于把间隙缩小；要么就维持0.2埃的间隙，通过可视化软件手动调整一下结构，再去跑。

如果单单是调整一下两个原子间的距离的话，我以前用过一个偷懒的办法，就是用GFN-xTB的constraining potentials https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... training-potentials 。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-4-25 09:48

Daniel_Arndt 发表于 2025-4-24 10:02
要么就先把距离减去0.1埃，跑完后再减去0.1埃，相当于把间隙缩小；要么就维持0.2埃的间隙，通过可视化软 ...

这个在cp2k种也可以用吗，如果有周期性的话。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-4-25 15:05

maoxinxina 发表于 2025-4-25 09:48
这个在cp2k种也可以用吗，如果有周期性的话。

那我就不知道了。因为我以前算的都是一些有机反应，我提到的手段可能不适用于周期性体系。

你就优先考虑把collective variable的间隙缩小吧，就是0.1埃、0.1埃的减小。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-4-25 15:08

Daniel_Arndt 发表于 2025-4-25 15:05
那我就不知道了。因为我以前算的都是一些有机反应，我提到的手段可能不适用于周期性体系。

你就优先考 ...

嗯嗯，谢谢了。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)