计算化学公社

标题: 小白求助如何得到小分子参数相关文件 [打印本页]

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-4-17 18:23
标题: 小白求助如何得到小分子参数相关文件
请教各位大佬，我要建成如图的体系，蛋白质已经用charmm27力场跑md，配体用charmm-gui得到相关文件itp好像不太全，所以用了swissparam（看到说和27力场耦合更好）(amber还没接触到和cgenff登录不了）GDP结构找到文献所说的1GP2结构中所包含的GDP结构，那GDP所需要的相关文件去哪里找？？GDP在这个体系中也是小分子，但是用配体的方式要得到GDP.itp试了不行，先谢谢各位大佬解答了，无基础实在是不懂

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-17 22:10
本帖最后由 student0618 于 2025-4-17 22:30 编辑

为什么用charmm27力场？非特殊情况CHARMM系列现在建议用CHARMM36m的，不然跑完会被审稿人质疑的。

而且CHARMM-GUI的小分子力场库有GDP的，所谓不太全具体是指缺了什么？具体操作用什么工具，所有步骤，遇到的报错？

我以前给合作的组用CHARMM-GUI建蛋白-GDP和蛋白-GTP体系都能直接跑的。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-18 05:52
小分子十分推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-4-23 09:35

sobereva 发表于 2025-4-18 05:52
小分子十分推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件

Sob老师因为我在实验中心集群用charmm力场，所以不能用sobtop生成的文件了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 11:53

王肖索发表于 2025-4-23 09:35
Sob老师因为我在实验中心集群用charmm力场，所以不能用sobtop生成的文件了

完全是开玩笑
拓扑文件是你自己的，参数体现在里面，谁规定在这集群上跑的模拟非得用CHARMM的参数了？

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)