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标题: 运行mpirun gmx_mpi出错 [打印本页]

作者
Author: 杨淋锋 时间: 2025-4-17 14:54
标题: 运行mpirun gmx_mpi出错
cpu：Intel(R) Xeon(R) Platinum 8352S CPU @ 2.20GHz
gpu：NVIDIA GeForce RTX 3090
gmx_mpi版本为2023.5，配置了mpi、gpu、avx2_256、float
对蛋白质1z0q (, 下载次数 Times of downloads: 0) 溶剂化添加离子后 (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，能量最小化仅设置integrator=steep, 其余默认
单点运行mpirun -np 4 gmx_mpi mdrun -deffnm em
结果显示无变化，如下图
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
并且疑似这种冻结导致使用sbatch时进程报错，报错如下图
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
进程显示如下
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
输出文件em.trr为空，em.edr仅1KB，无em.gro文件，em.log部分显示 (, 下载次数 Times of downloads: 0)
(, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-17 15:38
没事甭用MPI版

作者
Author: 杨淋锋 时间: 2025-4-17 15:42

sobereva 发表于 2025-4-17 15:38
没事甭用MPI版

老师，请问slurm运行gmx也不用mpi版吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-17 15:50

杨淋锋发表于 2025-4-17 15:42
老师，请问slurm运行gmx也不用mpi版吗

只要是单机运行，就没有任何理由用MPI版

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