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标题: 请教老师，atb生成的拓扑文件与sobtop生成的可以合并使用吗？ [打印本页]

作者
Author: xxx127 时间: 2025-4-16 15:38
标题: 请教老师，atb生成的拓扑文件与sobtop生成的可以合并使用吗？
我在ATB上下载了所需要的分子及其itp文件，写了一个a.top文件，用的是gromos54a7_atb.ff力场。
但是我需要在体系中添加石墨烯层，ATB无法生成，我就在VMD中画出石墨烯导出pdb，然后在sobtop中生成itp文件，将其#include到a.top里。
略加修改可以使用，主要是将forcefield.itp中的[defaults]进行修改，由上面改成下面： (, 下载次数 Times of downloads: 9)
想请教各位老师这样的作法可行吗没有将力场什么的混用吧？[defaults]修改有大的影响吗？
（ps：顺便问一下，sobtop中为什么要将原子类型设为ca原子类型？不是c吗）

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-16 20:30
Amber and GROMOS FF use different functional forms, so no.
http://sobereva.com/soft/Sobtop/ search GROMOS
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: xxx127 时间: 2025-4-16 21:16

student0618 发表于 2025-4-16 20:30
Amber and GROMOS FF use different functional forms, so no.
http://sobereva.com/soft/Sobtop/ search ...

您好！那请问加了石墨烯层怎么生成gromos54a7_atb.ff力场下的拓扑文件呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-17 16:22
用sobtop产生小分子拓扑文件不就完了，根本没有任何理由要和ATB产生的拓扑文件混用

ca是GAFF力场里描述芳香碳的专门的原子类型，适合石墨烯。

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