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标题: 求助利用AmberTools构建5500碱基对的DNA三维模型，以及NAB的报错问题 [打印本页]

作者
Author: 雨飘 时间: 2025-4-15 12:26
标题: 求助利用AmberTools构建5500碱基对的DNA三维模型，以及NAB的报错问题
各位老师好，刚学习Amber这个软件，所有的东西都不是很懂，我是在CentOS系统下利用Anaconda安装的ambertools22，想利用其构建一个5500碱基对的环状DNA模型，该如何进行。此外，简单的线性模型根据“几种基于核酸序列构建三维结构的工具”文章里面提到的NAB方法可以构建，但是长的线性结构就会显示“Reading parm file (tprmtop) Error: EOF when searching for tprmtop”报错，应该如何解决。希望各位老师给予一些指导，十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-16 04:28
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “AmberTools构建DNA三维模型” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-16 04:31
尝试我博文里其它方法，以及可以尝试alphafold3

作者
Author: 雨飘 时间: 2025-4-16 09:35
谢谢老师！

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