计算化学公社

标题: CP2K联合plumed计算一个分子与羟基自由基在空气水界面的反应的Metad疑问 [打印本页]

作者
Author: weiweiwei1212 时间: 2025-4-14 16:09
标题: CP2K联合plumed计算一个分子与羟基自由基在空气水界面的反应的Metad疑问
各位老师好，想请教一个问题，计算一个A分子(有多个脱氢位点)与羟基自由基在空气水界面的反应，通过计算metad计算获得自由能曲线，通过每个位点得到的数值比较界面上哪个位点更容易反应。
具体的计算步骤如下：
（1）构造空气水界面BOMD确定体系稳定
（2）放置分子在界面上方，同样进行BOMD,确定体系稳定
（3）放置自由基位于A分子多个反应位点相似的距离，进行BOMD预平衡，但是此时发现自由基远离各个脱氢位点，于是，固定A分子以及自由基中的O原子，剩余分子BOMD一段时间并取最后一帧作为metad的初始结构进行计算
想知道这样做是否有问题？如何确定自己metad计算得到的数值具有可比较的价值,是不是需要在一个位置多次重复，取平均值在进行比较？

作者
Author: Njr. 时间: 2025-5-15 20:59
同学请问可以咨询你一下关于界面的问题吗

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)