计算化学公社

标题: 求助amber在加热时报错Error: an illegal memory access was encountered [打印本页]

作者
Author: nakanosora 时间: 2025-4-11 17:00
标题: 求助amber在加热时报错Error: an illegal memory access was encountered
在加热的时候遇到报错，Error: an illegal memory access was encountered launching kernel kNLSkinTest

查看了能量的最小化的结果发现配体和hem的结构不对了，请问这要怎么解决

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-12 01:24
这种极小概率是程序bug，大概率是力场参数、成键关系没弄对

作者
Author: nakanosora 时间: 2025-4-15 15:08
我不太清楚我这样描述是不是正确，清楚的：这是我用MCPB.py尝试去做带有O的heme的p450蛋白配体的amber动力学模拟，贴子里的是一个模型，在加热时报错；下面这张是我弄的另一个模型在tleap后没加水的结构，截图来自于与DS，这些看起来奇怪的点我认为是正常的，是因为DS展示的问题，接着往下做动力学模拟，从对接结果开始进行建模到动力学模拟的流程这两个模型没有区别，但是第二个模型就没有报错。sob老师也提到了大概率是力场参数、成键关系没弄对，我猜测是初始结构有点问题，第二张图就是报错模型的对接结果（仅展示部分），是不是由于配体右边那部分与heme的距离什么的有问题，才导致在全局的能量最小化的时候出问题

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)