计算化学公社

标题: 如果聚合物单体的原子数很多，那么应如何获取聚合物的原子电荷？ [打印本页]

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Author: NGC626 时间: 2025-4-11 16:45
标题: 如果聚合物单体的原子数很多，那么应如何获取聚合物的原子电荷？
如题，如果在进行涉及聚合物的动力学计算时，想要获得较准确的各项参数，其中也包括原子电荷，http://sobereva.com/soft/Sobtop中sob老师提到可以通过如下方法获得原子电荷，那么，如果聚合物的单体原子数就很多的话，这种情况下进行DFT计算可能会非常费劲，甚至算不动，有没有什么好的办法可以获得聚合度为n的聚合物的各项参数(包括原子电荷)呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-4-11 16:58
本帖最后由牧生于 2025-4-11 17:01 编辑

ztop可以。 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=ztop

但我一直在等那个完美的、便利的解决方案

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-4-11 23:12
参考这个：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2234&pid=331389

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-12 01:21
单体原子数很多的情况，意味着你不需要把三个单元全都用完整单元，相邻的单元可以充分简化。例如的氨基酸残基用Multiwfn算RESP电荷，你只需要把一个残基两边用乙酰和甲胺封闭就行了（这就体现出了中间的残基在两个肽键之间），乙酰和甲胺也没多少原子，并不需要非得是靠三肽模型来用Multiwfn算中间的残基的RESP电荷。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-12 01:39
我专门改写了http://sobereva.com/soft/Sobtop网页里的内容，避免有人再有类似问题

一般来说，正确得到聚合物RESP电荷的做法是构造一个寡聚物（目的是让被计算的残基在寡聚物中所处的电子结构环境和实际体系足够相似。如果重复单元很小像聚乙烯，建议含五个单元；如果重复单元稍大如聚碳酸酯，三个单元就够；如果重复单元很大，如包含几十个原子，那就只保留它与相邻单元成键的一部分，如几个到十几个原子左右即可）

作者
Author: NGC626 时间: 2025-4-12 17:23

sobereva 发表于 2025-4-12 01:39
我专门改写了http://sobereva.com/soft/Sobtop网页里的内容，避免有人再有类似问题

感谢sob老师

作者
Author: NGC626 时间: 2025-4-13 18:40
本帖最后由 NGC626 于 2025-4-13 18:41 编辑

sobereva 发表于 2025-4-12 01:39
我专门改写了http://sobereva.com/soft/Sobtop网页里的内容，避免有人再有类似问题

sob老师好，请问sobtop的介绍中提到的计算聚合物电荷的方法，"第一次算RESP电荷的时候把首端单元的总电荷约束为0"，以此类推，得到首端、中间、尾端单元的原子电荷，请问为什么计算某部分的电荷时，是把这部分的总电荷约束为0，而不是约束除它以外的其他部分的电荷为0呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-14 01:37

NGC626 发表于 2025-4-13 18:40
sob老师好，请问sobtop的介绍中提到的计算聚合物电荷的方法，"第一次算RESP电荷的时候把首端单元的总电荷 ...

这样就已经达到目的了，干嘛还用其它做法

作者
Author: NGC626 时间: 2025-4-17 14:01

sobereva 发表于 2025-4-14 01:37
这样就已经达到目的了，干嘛还用其它做法

sob老师好，请问在按照sobtop的介绍中计算聚合物原子电荷的时候，假设三聚物的总电荷为0，首端、中间、末端单元的电荷分别为-2，1，1，那么是不是意味着四聚物的总电荷是1，五聚物的总电荷是2，以此类推呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-17 14:48

NGC626 发表于 2025-4-17 14:01
sob老师好，请问在按照sobtop的介绍中计算聚合物原子电荷的时候，假设三聚物的总电荷为0，首端、中间、末 ...

我不晓得你的这个聚合物是什么情况。弄清楚为什么残基带净电荷，从逻辑和实际状态角度思考该是什么样。诸如中性水中的DNA当中每个重复单元都有去质子化的磷酸基，因此带负电荷，这会相应地由体系中的抗衡离子中和其电荷。

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