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标题: 氨基硅氧烷吸附研氨气模型构建合理性求助 [打印本页]

作者
Author: YQP 时间: 2025-4-11 08:24
标题: 氨基硅氧烷吸附研氨气模型构建合理性求助

本人近期在做氨基硅氧烷吸附研氨气计算结合能研究时，建模遇到问题，完成初始建模后使用molclus+xtb做构型搜索，希望能得到合理吸附模型

遇到如下问题：

1 为防止跑飞，xtb加上wall和cma后，起始初步优化的结构和我建立的结构差别很大，不加wall和cma则不存在该现象，不清楚加球形限制势为什么导致这个情况。

2在低温下（10K）氢键等弱相互作用确实不会跑飞，但对应的氨基硅氧烷的弛豫也减弱几乎没变化了。当温度上升到室温（298K）,模拟真实的吸附温度后发现，氨基硅氧烷分子链充分旋转变化，但吸附的氨气分子会跑散，是否有既能保证单个分子充分弛豫，又能保证分子间在特定位点（如弱相互作用）不跑散的方法。

3 有没有其它更合理的建模方式

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-11 12:33
这个体系的构象搜索不必用xtb，用gentor设置那些乙氧基的旋转也可以。当然一定用xtb的话可以给氢键相关的原子键长等加限制势，而不是给整个体系加球形限制势。

如果真要用分子动力学考察特定温度下结合的稳定程度（而不是单纯的构象搜索给后续计算产生初猜结构），半经验级别还是粗糙了，建议参考http://sobereva.com/576在ORCA里用DFT来跑。

作者
Author: YQP 时间: 2025-4-14 06:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-11 12:33
这个体系的构象搜索不必用xtb，用gentor设置那些乙氧基的旋转也可以。当然一定用xtb的话可以给氢键相关的原 ...

非常感谢，我尝试一下

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