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标题: 求助三维稠合的环状结构在chemdraw的画法以及建模方法 [打印本页]
作者
Author: shashengfo    时间: 2025-4-10 19:23
标题: 求助三维稠合的环状结构在chemdraw的画法以及建模方法
本帖最后由 shashengfo 于 2025-4-10 19:26 编辑

请问各位老师
1.这样的3维的稠合的环状结构怎么在chemdraw里画呀2.然后像这个五元环构成的结构具体的建模方法我好像目前也没有看到有太好的办法，目前根据我搜索下来大家普遍给出的方案要么是自己写程序作图，要么在nanotube modeler的基础上进行修改（但是nanotube modeler貌似只能给出六元环的结构），再或者就是拿Material studios慢慢建模了。不知道各位老师是否有更加简洁的办法呀？


非常感谢各位老师的帮助！！
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-4-10 22:22
我按http://sobereva.com/594的方法结合Gaussian和GaussView构建出了这个五元环并接的纳米带，具体流程见这帖，结果的.xyz文件如下：
  1. 48
  2. nanobelt made of 12 five-membered rings
  3. C              2.81011100    1.62462600   -1.49323200
  4. C              2.73987300    2.27606500    0.68086300
  5. C              2.42986500    2.60584100   -0.68063600
  6. C              3.42953900    0.99936900    0.64199900
  7. C              0.85135600    3.47739400    0.64139300
  8. C              1.19813800    3.37285200   -0.64196300
  9. C              1.78424100    2.71634900    1.49349600
  10. C             -1.03997500    3.41102600   -0.68111400
  11. C              0.00012500    3.25150000   -1.49374800
  12. C             -0.59920200    3.51601700    0.68034900
  13. C             -2.58060000    2.47507100    0.64169800
  14. C             -2.31803500    2.72395600   -0.64176400
  15. C             -1.45611200    2.90557900    1.49316600
  16. C             -3.46680900    0.80303200   -0.68038800
  17. C             -2.81011100    1.62478100   -1.49341800
  18. C             -3.33694100    1.23683200    0.68099200
  19. C             -3.42953900   -0.99936900    0.64199900
  20. C             -3.51295500   -0.64715700   -0.64132600
  21. C             -3.23719500    0.18940700    1.49380100
  22. C             -2.42986500   -2.60584100   -0.68063600
  23. C             -2.81011100   -1.62462600   -1.49323200
  24. C             -2.73987300   -2.27606500    0.68086300
  25. C             -0.85135600   -3.47739400    0.64139300
  26. C             -1.19813800   -3.37285200   -0.64196300
  27. C             -1.78424100   -2.71634900    1.49349600
  28. C              1.03997500   -3.41102600   -0.68111400
  29. C             -0.00012500   -3.25150000   -1.49374800
  30. C              0.59920200   -3.51601700    0.68034900
  31. C              2.58060000   -2.47507100    0.64169800
  32. C              2.31803500   -2.72395600   -0.64176400
  33. C              1.45611200   -2.90557900    1.49316600
  34. C              2.81011100   -1.62478100   -1.49341800
  35. C              3.33694100   -1.23683200    0.68099200
  36. H               2.38051000    1.42371400   -2.46572900
  37. H               1.55730200    2.30005300    2.46611700
  38. H              -0.04016700    2.77882000   -2.46621600
  39. H              -1.20702400    2.50041400    2.46503900
  40. H              -2.42129500    1.35464300   -2.46637900
  41. H              -2.76255700    0.20216900    2.46615300
  42. H              -2.38051000   -1.42371400   -2.46572900
  43. H              -1.55730200   -2.30005300    2.46611700
  44. H               0.04016700   -2.77882000   -2.46621600
  45. H               1.20702400   -2.50041400    2.46503900
  46. H               2.42129500   -1.35464300   -2.46637900
  47. H               2.76255700   -0.20216900    2.46615300
  48. C              3.23719500   -0.18940700    1.49380100
  49. C              3.46680900   -0.80303200   -0.68038800
  50. C              3.51295500    0.64715700   -0.64132600
复制代码


作者
Author: imasen    时间: 2025-4-11 10:07
本帖最后由 imasen 于 2025-4-11 10:17 编辑

分享一下我的做法，整个建模过程也就两三分钟。

1. 在chemdraw画好链状的12个五元稠环，确保键连方式是自己想要的（不要出现亚甲基之类四面体的C）。

2. 复制到chem3D里，可以看到几何结构有些错乱，但没关系直接保存成mol2（记录键连方式）文件。

(, 下载次数 Times of downloads: 12)



3. gaussview打开后，由于有着我们想要的键连方式，直接点击小扫把clean工具，一步就变成了合理的直链结构，注意高亮的部分是在环状结构中重叠的原子。

4. 删掉多余的CH原子，按照环状方式连接首尾原子，然后疯狂点击clean工具，就得到想要的环状结构了。

(, 下载次数 Times of downloads: 11)



5. 最后可以用xTB优化一下，几秒钟就搞定了。

(, 下载次数 Times of downloads: 10)



其实不管是平面稠环，还是环状的三维稠环，有正确的连接方式（有机化学里的单双键交替的路易斯式），clean工具都能比较好地优化出来。

作者
Author: shashengfo    时间: 2025-4-11 11:07
本帖最后由 shashengfo 于 2025-4-11 11:08 编辑
imasen 发表于 2025-4-11 10:07
分享一下我的做法，整个建模过程也就两三分钟。

1. 在chemdraw画好链状的12个五元稠环，确保键连方式是 ...

感谢老师的指点！
作者
Author: shashengfo    时间: 2025-4-11 11:07
本帖最后由 shashengfo 于 2025-4-11 11:09 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-10 22:22
我按http://sobereva.com/594的方法结合Gaussian和GaussView构建出了这个五元环并接的纳米带，具体流程见这 ...

感谢老师的分享！



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