计算化学公社

标题: 求助：利用sobtop生成分子itp文件，真空下模拟能量最小化不收敛 [打印本页]

作者
Author: 芮啦 时间: 2025-4-10 17:53
标题: 求助：利用sobtop生成分子itp文件，真空下模拟能量最小化不收敛
各位老师好，我想计算电解液体系中锂离子周围溶质分子分布的RDF/CN，其中有一种溶质分子是DFEC:双氟碳酸乙烯酯（cas：311810-76-1），利用g16做了分子的优化+振动分析，借助sobtop生成了itp文件，想要检验拓扑文件的合理性，想在真空中跑MD，但是在能量最小化这一步无法收敛，检查生成的em.gro文件，分子结构并无问题，麻烦各位老师帮忙查看，指点一下

作者
Author: pal 时间: 2025-4-10 19:22
这个哪里报错了，不是正常结束了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 01:43
连个error甚至warning都没有，怎么想到报错了？
并且sobtop主页里我使劲强调了，普通有机体系应当直接用GAFF的参数，甭基于Hessian算力场参数，认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11

作者
Author: 芮啦 时间: 2025-4-11 09:17

pal 发表于 2025-4-10 19:22
这个哪里报错了，不是正常结束了

谢谢老师，因为看到势能是2.3581814e+03，所以想着是有问题

作者
Author: 芮啦 时间: 2025-4-11 09:25

sobereva 发表于 2025-4-11 01:43
连个error甚至warning都没有，怎么想到报错了？
并且sobtop主页里我使劲强调了，普通有机体系应当直接用GA ...

谢谢sob老师，我最开始是根据例2（不基于Hessian算力场参数），但是NVT会报错，排查了各个分子，发现是DFEC 分子的问题，所以又重新根据例1来算了力场参数

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 14:23

芮啦发表于 2025-4-11 09:25
谢谢sob老师，我最开始是根据例2（不基于Hessian算力场参数），但是NVT会报错，排查了各个分子，发现是DF ...

用GAFF描述这个不会有什么问题，成键方式很普通
刻意用DRIH还可能更糟

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)