计算化学公社

标题: 求助利用gromacs计算红外光谱过程中让gro文件里速度乘电荷值的方法 [打印本页]

作者
Author: Z_v 时间: 2025-4-10 16:35
标题: 求助利用gromacs计算红外光谱过程中让gro文件里速度乘电荷值的方法
请教各位老师，我参考李老师教程“使用gromacs计算红外光谱”中遇到了一些问题。卡在了教程中这一步“首先将不易读写的trr文件转换为容易读写的gro文件, 然后将其中的速度乘上前面得到的电荷值, 得到新的gro文件, 再将替换后的gro文件转换为trr文件.”关于如何让速度乘电荷值这个问题有些无从下手，也在网上也找了很多资料都不是很明确，请公社老师们指点一下，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 01:48
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “利用gromacs计算红外光谱” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 01:51
我没看过你说的文章。VMD里直接就有得到红外光谱的插件Analysis - IR spectra calculation，用不着折腾

单纯就事论事说你的问题，自己写程序，读取gro里的原子信息和坐标、读取电荷，相乘后输出新的gro文件

作者
Author: Z_v 时间: 2025-4-11 09:19

sobereva 发表于 2025-4-11 01:48
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，sob老师。下次注意

作者
Author: Z_v 时间: 2025-4-11 09:20

sobereva 发表于 2025-4-11 01:51
我没看过你说的文章。VMD里直接就有得到红外光谱的插件Analysis - IR spectra calculation，用不着折腾

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好的，谢谢sob老师

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