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标题: gmx能否跑带电基团，比如水合氢离子这种体系的水合自由能呢？ [打印本页]

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Author: Lance先生 时间: 2025-4-10 16:31
标题: gmx能否跑带电基团，比如水合氢离子这种体系的水合自由能呢？
本帖最后由 Lance先生于 2025-4-11 10:09 编辑

各位大佬好，本人在处理有机小分子的溶剂化自由能时产生一个疑问，就是gmx能否跑带电基团，比如水合氢离子这种体系的水合自由能呢？请各位大佬赐教。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-10 22:32
经典力场对一般的带电离子和中性分子的处理都差不多，但是水合氢离子可不一般……隔壁量子化学计算的结果和方法见http://bbs.keinsci.com/thread-7077-1-1.html和http://bbs.keinsci.com/thread-25729-1-1.html。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 01:53
那叫水合自由能，不叫水和自由能
基于普通力场算不准质子的水合自由能，量子化学方式较可靠方式计算的见楼上提到的帖子里的我的回帖

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-4-11 10:05

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-10 22:32
经典力场对一般的带电离子和中性分子的处理都差不多，但是水合氢离子可不一般……隔壁量子化学计算的结果和 ...

谢谢大佬。

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-4-11 10:06

sobereva 发表于 2025-4-11 01:53
那叫水合自由能，不叫水和自由能
基于普通力场算不准质子的水合自由能，量子化学方式较可靠方式计算的见楼 ...

谢谢社长。

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