计算化学公社

标题: 溶液中的多肽分子数据集构建问题 [打印本页]

作者
Author: 比尔摩斯 时间: 2025-4-10 13:51
标题: 溶液中的多肽分子数据集构建问题
各位老师同学大家好，有一个小问题想问大家，我想跑一批多肽分子的数据集来训练机器学习力场，用cp2k直接跑AIMD更好还是用经典力场跑完筛选结构再做DFT单点更好，多肽分子大概数十到200原子不等，溶剂想用显式水，用AIMD的方法是否会很慢？想听听大家的意见

作者
Author: KanbeKotori 时间: 2025-4-10 14:26
1。建议先增强采样筛构象，得到势能面的不同能量分布。
2。多肽带显式水的话，我想起码水层要能够在其周围包一圈。这一下就可能多小百来原子，aimd不划算。

作者
Author: 比尔摩斯 时间: 2025-4-10 21:43

KanbeKotori 发表于 2025-4-10 14:26
1。建议先增强采样筛构象，得到势能面的不同能量分布。
2。多肽带显式水的话，我想起码水层要能够在其周围 ...

好滴多谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 02:09
根本没必要AIMD跑动力学，代价太高，而且很有限的模拟时间根本不足以对不小的多肽的构象空间充分采样。倘若考虑了显式水更难算得动，若要溶剂包满多肽，原子数得多增加几倍。
显式水模型下分子力场跑动力学，然后对筛选出的蛋白质结构差异性较大的帧，对蛋白质部分用DFT算单点或单点+受力（取决于训练时是否考虑重现受力）是正确做法

作者
Author: 比尔摩斯 时间: 2025-4-11 12:25

sobereva 发表于 2025-4-11 02:09
根本没必要AIMD跑动力学，代价太高，而且很有限的模拟时间根本不足以对不小的多肽的构象空间充分采样。倘若 ...

好嘞！谢谢sob老师答疑！

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)