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标题: g_covar得到的eigenvalues中全是0 [打印本页]

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Author: BaoH025 时间: 2025-4-9 16:59
标题: g_covar得到的eigenvalues中全是0
各位老师，上次有个问题没有解决，这次有时间试了一下一个纯蛋白的md，然后想试试PCA分析，参考了网上一些资料与浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元等，但是此次结果还是0.求分析一下。
用的是gmx 2024版本，只试了下常规md 300 ps（顺序：能量最小化，限制性md，常规md）。
还用trjconv 。。。。。 -pbc mol -center处理了轨迹，两次选择全部选择了protein组。
又用trjconv 。。。。。 -fit rot+trans处理了上一步的轨迹，两次选择全部也选择了protein组。
最后用 gmx covar -s md.tpr -f 上面得到的.xtc -o eigenvalues.xvg -v eigenvectors.trr -xpma covar.xpm。两次选择全部选择了alpha-C。
结果我看了下eigenvalues文件，里面确全是0.
2周之前跑过sob老师3ATL的例子，也如此。
求分析一下，谢谢。
再次感谢。

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