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标题: 多聚体跨膜蛋白与小分子动力学模拟求助 [打印本页]

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-4-9 16:44
标题: 多聚体跨膜蛋白与小分子动力学模拟求助
我是初学者，按照官网教程只会一些gromacs的基本操作。想做一下一个大概4w原子数的跨膜蛋白与小分子的动力学模拟，看一下蛋白构象的改变。活性位点已知含有铜，活性位点嵌在磷脂膜上面。但是文献中别人还是直接加的水盒子，我加的水盒子，结合能接近于0，小分子跑出了蛋白质结构，这个难度个人学习好解决不，或者科音会培训这块内容内容吗？三脚猫功夫实在不会了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 21:13
光看官网上那点东西远远不足以让你达到入门的水平。参加过一次北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）超级系统完整地学一遍背景知识和程序使用的方方面面，就什么都明白了，并会感到之前走那些弯路都是在白花时间。培训里专门用了很大的篇幅详细讲蛋白质模拟、蛋白质+配体、生物膜的模拟、膜蛋白的模拟的模拟。把培训讲的内容全都消化后，你都有能力判断网上的乱七八糟的教程和他人的文章里哪些做法不合理。并且当你有了培训里讲的背景知识的逻辑后，能容易判断结果的合理性，以及遇到异常的情况应该从什么地方入手解决。

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-4-9 22:01

sobereva 发表于 2025-4-9 21:13
光看官网上那点东西远远不足以让你达到入门的水平。参加过一次北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http:// ...

好的谢谢sob老师，已经报名了咱们的课程

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