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标题: 组装体跑出盒子，RMSD值没有平衡，波动大 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2025-4-9 15:22
标题: 组装体跑出盒子，RMSD值没有平衡，波动大
在200ns的MD模拟（NPT）后，使用gmx rms查看RMSD
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结果图示这样的轨迹是这样，有跑出盒子是怎么回事
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 23:08
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）
看此文的RMSD部分

作者
Author: milk_q 时间: 2025-4-14 10:20
本帖最后由 milk_q 于 2025-4-14 10:22 编辑

sobereva 发表于 2025-4-9 23:08
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...

sob老师，是系统还没有平衡吗？我看轨迹发现有一段分子发生平动，整体一直处于部分跑出盒子的状态，用了-pbc mol -cluster平动更多了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-15 04:11

milk_q 发表于 2025-4-14 10:20
sob老师，是系统还没有平衡吗？我看轨迹发现有一段分子发生平动，整体一直处于部分跑出盒子的状态，用了-pb ...

弄清楚跨盒子是怎么影响RMSD曲线的，文中说了原因

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