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标题: ms的pdb转化为gro文件，gromacs一直识别不了我的pdb文件 [打印本页]

作者
Author: zlyw 时间: 2025-4-8 20:42
标题: ms的pdb转化为gro文件，gromacs一直识别不了我的pdb文件
大神们好，我想咨询一个问题我的ms转gro文件，gromacs一直识别不了我的pdb文件（如下），包括mol识别不了，然后分子中间分子序号都一样，都是2，是什么问题呢？谢谢大神
模拟的都是一些简单的小分子，只有水和甲烷
ATOM 1 C1 MOL 2 -27.781 -76.336 21.433 1.00 0.00 C
ATOM 2 C2 MOL 2 -28.629 -75.884 22.604 1.00 0.00 C
ATOM 3 C3 MOL 2 -28.613 -76.866 23.743 1.00 0.00 C
ATOM 4 C4 MOL 2 -29.434 -78.117 23.459 1.00 0.00 C
ATOM 5 H5 MOL 2 -27.623 -75.555 20.661 1.00 0.00 H
ATOM 6 H6 MOL 2 -28.060 -77.299 20.988 1.00 0.00 H

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-8 20:45
Topology是如何预备的？所谓无法识别是指跑什么命令，给了什么报错？

作者
Author: zlyw 时间: 2025-4-8 20:58

student0618 发表于 2025-4-8 20:45
Topology是如何预备的？所谓无法识别是指跑什么命令，给了什么报错？

像 pdb2gmx、editconf 、vmd我都进行了尝试，生成的gro文件用gromacs识别不出来，
2SOL OW1    1 3.034 3.777 0.463
2SOL HW2    2 2.974 3.704 0.452
2SOL HW3    3 3.080 3.775 0.378
2SOL OW4    4 2.219 9.834 0.111
2SOL HW5    5 2.199 9.925 0.126
2SOL HW6    6 2.309 9.847 0.148
2SOL OW7    7  -1.935 0.922  -0.136
2SOL HW8    8  -1.974 0.874  -0.060
2SOL HW9    9  -1.844 0.886  -0.132
2SOL OW10 10 4.248  -1.137 2.885
2SOL HW11 11 4.338  -1.175 2.898
2SOL HW12 12 4.208  -1.225 2.859
2SOL OW13 13 4.151 4.868 1.464
2SOL HW14 14 4.196 4.840 1.379
2SOL HW15 15 4.164 4.963 1.454
2SOL OW16 16 5.551  -0.933 3.441
2SOL HW17 17 5.473  -0.992 3.430
2SOL HW18 18 5.504  -0.848 3.424

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-8 21:05
力场中没有的残基要补文件的，例如用sobtop 生成GAFF力场的小分子文件，水用力场目录中的其中一个water model或者找论坛上的opc/opc3。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 03:52
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “ms的pdb转化为gro文件” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 03:54

zlyw 发表于 2025-4-8 20:58
像 pdb2gmx、editconf 、vmd我都进行了尝试，生成的gro文件用gromacs识别不出来，
2SOL OW1 1 ...

缺乏gromacs使用的最基本常识

看下文
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
以及http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

搞清楚pdb2gmx产生拓扑文件的基本机制，以及rtp文件是什么。pdb2gmx没法当黑箱用。

editconf 、vmd跟产生拓扑文件毫无直接关系。

PS：如果你对GROMACS真是完全缺乏基础，非常建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）一次性正经学明白了再用，免得遇到像这种很初级问题也不知道怎么解决，在乱试上白浪费时间。

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