计算化学公社

标题: 求助：gromacs使用pull模块报错 [打印本页]

作者
Author: TL131242 时间: 2025-4-7 14:39
标题: 求助：gromacs使用pull模块报错
本帖最后由 TL131242 于 2025-4-7 14:42 编辑

想求助下大家，最近做gromacs模拟蛋白在溶液中的搅拌，使用pull=constant-force计算报错这是我的参数，模拟做了能量最小化和nvp以及npt（参考文献里做的）

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设置盒子大小已经增加过一次还是报错，使用direction-periodic参数也报错，想问下大家是哪里出问题了，是参数设置还是盒子不够大

作者
Author: FrancisCho 时间: 2025-4-8 08:17
报错有显示，direction-periodic与NPT不兼容，我自己做US的时候也报错，把控压部分（改变盒子尺寸）删除就能正常运行。

作者
Author: Acee 时间: 2025-4-8 08:52
1. Z轴盒子尺寸太小, 体系再做周期性检测时报错, 确保Z轴超过你反应坐标距离的2倍.
2. 使用direction-periodic, 就只能用nvt

推荐用colvars, 而不是gromacs原生的pull code.
优势:
1. 开源免费, 支持gromacs, namd, lammps
2. 计算速度快, 最新版中cv计算已经移植到gpu中, 计算速度显著提升, 即将发布.
3. cv设置灵活, 可进行非常个性化的分析

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